Hiszpańskie wicekrólestwo w obu Amerykach czasami wywoływało konflikty między rdzennymi ludami („tubylcami” lub „Indianami”) a hiszpańskimi kolonistami. Hiszpanie próbowali kontrolować tubylców, aby zmusić ich do pracy. W tym samym czasie między encomenderos a koroną doszło do konfliktów w zakresie polityki i realizacji.
dwa z głównych zestawów Ustaw wydanych w XVI wieku regulowały stosunki hiszpańskie z rdzennymi ludami, kwestia, o którą Korona szybko zainteresowała się wkrótce po podróżach Krzysztofa Kolumba i jego rządów. Prawa Burgos (1512), podpisane przez króla Ferdynanda II Aragońskiego, koncentrowały się na dobru podbitych rdzennych ludów. Sprawa została ponownie rozpatrzona po tym, jak Bartolomé de las Casas zwrócił uwagę na nadużycia dokonywane przez encomenderosa. Prawa Burgos zostały zmienione przez nowe prawa z 1542 roku wydane przez Karola I i szybko zmienione ponownie w 1552 roku, po tym jak prawa spotkały się z oporem kolonistów. Po nich w 1573 roku wydano zarządzenia dotyczące odkryć, które zabraniały jakichkolwiek nieautoryzowanych operacji przeciwko niezależnym rdzennym Amerykanom.
Colegio de San Gregorio, Valladolid
Colegio de San Gregorio, gdzie narodziły się prawa Indii
debata w Valladolid (1550-1551) była pierwszą debatą moralną w historii Europy, w której dyskutowano o prawach i traktowaniu skolonizowanego narodu przez kolonizatorów. W Colegio de San Gregorio, w hiszpańskim mieście Valladolid, odbyła się moralna i Teologiczna debata na temat kolonizacji Ameryki, jej uzasadnienia dla nawrócenia na katolicyzm, a dokładniej na temat stosunków między europejskimi osadnikami a tubylcami Nowego Świata. Składał się on z szeregu przeciwstawnych poglądów na temat sposobu, w jaki tubylcy mieli być włączeni do życia kolonialnego, ich nawrócenia na chrześcijaństwo oraz ich praw i obowiązków. Według francuskiego historyka Jeana Dumonta debata Valladolid była ważnym punktem zwrotnym w historii świata „w tym momencie w Hiszpanii pojawił się świt praw człowieka”.
aby poprowadzić i uregulować tworzenie presidios (miast wojskowych), misji i pueblos (miast cywilnych), król Filip II opracował pierwszą wersję praw Indii. Ten obszerny przewodnik składał się ze 148 rozporządzeń mających na celu pomoc kolonistom w lokalizowaniu, budowaniu i zaludnianiu osad. Rozporządzenia te będą używane w całej Ameryce Południowej, Ameryce Środkowej, Meksyku i na Zachodzie USA. Skodyfikowały one proces planowania miasta i stanowiły jedne z pierwszych prób opracowania planu ogólnego. Podpisane w 1573 r. ustawy Indii są uważane za pierwsze szeroko zakrojone wytyczne dotyczące projektowania i rozwoju społeczności. Prawa te były pod silnym wpływem dziesięciu książek Witruwiusza o architekturze i traktatów Leona Battisty Albertiego na ten temat.
