Fowler był członkiem mniejszościowej grupy, która posiadała 49,32% Padrów. Grupa, kierowana przez ówczesnego dyrektora generalnego Padres Jeff Moorad, próbowała kupić Padres od kontrolującego właściciela Johna Mooresa za 530 milionów dolarów, ale transakcja upadła w kwietniu 2012 roku. Fowler zastąpił Moorada na stanowisku generalnego partnera grupy mniejszościowej i zasiadał w Komitecie Wykonawczym Padres.
Fowler dołączył do nowej grupy, aby kupić Padres, który obejmował czterech spadkobierców rodziny O ’ Malley-którzy byli właścicielami franczyzy Los Angeles Dodgers przez pięć dekad. Kevin i Brian O 'Malley są synami byłego właściciela Dodgers Petera O’ Malleya i wnukami Waltera O ’ Malleya, właściciela, który przeniósł Dodgers na zachód z Brooklynu po sezonie 1957. Peter I Tom Seidler są bratankami Petera O ’ Malleya. MLB zatwierdziło sprzedaż w wysokości 800 milionów dolarów, która zakończyła się 28 sierpnia 2012 roku. Aż 200 milionów dolarów z ceny sprzedaży zawierało 20-procentowy udział zespołu w Fox Sports San Diego, kanale kablowym, który płaci roczne opłaty w ramach 1,2 miliarda dolarów, 20-letniej umowy. Fowler został mianowany prezesem zarządu Grupy i został wyznaczony do reprezentowania Padres we wszystkich spotkaniach ligowych. Stał się pierwszą lokalną osobą kontrolującą zespół od czasu założyciela C. Arnholdta Smitha. W ramach Grupy Fowler/Siedler/O 'Malley, Padres podpisali kontrakty z trzema graczami, które pobiły poprzedni kontrakt franczyzowy, dając Wilowi Myersowi 6 lat i 83 miliony dolarów w styczniu 2017, 8 lat i 144 miliony dolarów Ericowi Hosmerowi w lutym 2018, a 10 lat i 300 milionów dolarów Manny’ emu Machado w lutym 2019.
18 listopada 2020 roku MLB zatwierdziło przeniesienie funkcji prezesa na Petera Seidlera, który wykupił od Fowlera udziały w zespole, aby stać się największym udziałowcem. Fowler pozostaje w zespole jako wiceprezes.
