stosując zasady analizy kosztów i korzyści do rzeczywistych problemów związanych z alokacją zasobów, należy zwrócić szczególną uwagę na przestrzeganie teorii ekonomii dobrobytu, która leży u podstaw techniki kosztów i korzyści. Poważne problemy pojawiają się, gdy koszty i korzyści są stosowane zamiennie w celu przedstawienia dobrych i złych atrybutów programu. Ponadto w przypadku wzajemnie wykluczających się projektów skupienie uwagi na korzyściach netto (lub stosunku kosztów do korzyści) poszczególnych projektów w przeciwieństwie do korzyści netto wynikających z wykorzystania środków budżetowych może prowadzić do stronniczych szacunków ceny równoległej projektów, a w konsekwencji błędów we wnioskach analityków. W rezultacie oceny ekonomiczne poszczególnych projektów nie mają bezpośredniego znaczenia dla wyboru między wzajemnie wykluczającymi się projektami o różnej wielkości. Oba rodzaje problemów są zilustrowane przez odniesienie zarówno do prostych przykładów, jak i opublikowanych ocen ekonomicznych technik opieki zdrowotnej. Programowanie całkowite jest zaproponowane i zademonstrowane jako metoda wyboru między wzajemnie wykluczającymi się projektami.
