husmusen (Mus musculus) är ett litet däggdjur av ordningen Rodentia, karakteristiskt med en spetsig nos, små rundade öron och en lång naken eller nästan hårlös svans. Det är en av de vanligaste arterna av släktet Mus. Även om det är ett vilddjur lever husmusen huvudsakligen i samarbete med människor.Husmusen har tämjts som husdjur eller snygg mus, och som laboratoriemus, som är en av de viktigaste modellorganismerna inom biologi och medicin.
Montering
GRCm38.P6-församlingen lämnades in av Genome Reference Consortium i September 2017. Enheten är på kromosomnivå, bestående av 885 contigs monterade i 336 byggnadsställningar. Från dessa sekvenser har 21 kromosomer byggts. N50-storleken är längden så att 50% av det sammansatta genomet ligger i block av N50-storleken eller längre. N50-längden för contigs är 32,273,079 medan ställningen N50 är 52,589,046.
genanteckning
genanteckningsprocessen utfördes med användning av en kombination av protein-till-genom-inriktningar, annotationskartläggning från en lämplig referensart och RNA-seq-inriktningar (där RNA-seq-data med lämpliga metadata var offentligt tillgängliga). För varje kandidatgenregion tillämpades en urvalsprocess för att välja den mest lämpliga uppsättningen transkript baserat på evolutionärt avstånd, experimentella bevis för källdata och kvaliteten på inriktningarna.Små ncRNA erhölls med användning av en kombination av BLAST och Infernal/RNAfold. Pseudogener beräknades genom att titta på gener med en stor andel icke-biologiska introner (introner av <10bp), där genen täcktes i upprepningar, eller där genen var singel exon och bevis på en funktionell multi-exon paralog hittades någon annanstans i genomet. lincrna genererades via RNA-seq-data där inga bevis på proteinhomologi eller proteindomäner kunde hittas i transkriptet.
i enlighet med Fort Lauderdale-avtalet, kontrollera publiceringsstatus för genomet/sammansättningen innan du publicerar några genomövergripande analyser med hjälp av dessa data.
