Spaniens närvaro i området kan spåras till en uppgörelse som heter Santa Cruz De La Mar Peque Kubana, grundad 1476. Efter attacker från berberna beslutade spanjorerna att fokusera på att kolonisera andra områden i Nordafrika och övergav regionen.
i mitten av 19-talet, när de europeiska makterna såg igen till Afrika för resurser, Spanien plötsligt mooted ett intresse för sin förlorade senmedeltida fästning för att satsa en fordran på den södra delen av Marocko. Detta tjänade som förevändning för ett kort krig med Marocko 1859.
territoriet och dess huvudstad Sidi Ifni överlämnades till Spanien av sultanatet Marocko den 26 April 1860, men det fanns lite intresse för detta koloniala förvärv fram till 1934, då generalguvernören i Spanska Sahara bosatte sig. Flygplatsen hade blivit en avgörande mellanlandning för flygningar mellan fastlandet och Kanarieöarna, och 1938 etablerades en kommersiell rutt av flygbolaget Iberia som förbinder Sevilla, Larache, Sidi Ifni, Cape Juby och Gando på Kanarieöarna.
fram till 1952 hade Ifni-regionen status som ett protektorat. I år blev regionen en del av spanska Västafrika (enhet som grupperade kolonierna i Spanska Sahara och Cape Juby).
efter Ifni-kriget (1957) blev det mesta av territoriet ockuperat de facto av Morocco.In 1958 gjordes kolonin till en spansk provins för att förhindra FN: s kritik av fortsatt kolonisering.
efter ett fördrag som undertecknades den 4 januari och ratificerades den 22 April återvände Spanien formellt territoriet till Marocko den 30 juni 1969.
