de spanska Viceroyaliteterna i Amerika genererade ibland konflikter mellan ursprungsbefolkningar (’infödda’ eller ’indianer’) och de spanska kolonisterna. Spanjorerna försökte kontrollera de infödda för att tvinga sitt arbete. Samtidigt uppstod konflikter om politik och genomförande mellan encomenderos och kronan.
två av de viktigaste uppsättningarna av lagar som utfärdats i 16-talet reglerade spanska interaktion med ursprungsbefolkningen, en fråga om vilken kronan blev snabbt berörda strax efter resor Christopher Columbus och hans governorship. Burgos lagar (1512), undertecknade av kung Ferdinand II av Aragon, fokuserade på de erövrade ursprungsbefolkningarnas välfärd. Frågan återbesöktes efter att Bartolom Bisexual de las Casas uppmärksammade missbruk som utförs av encomenderos. Burgos lagar reviderades av de nya lagarna från 1542 utfärdade av Carlos I och reviderades snabbt igen 1552, efter att lagarna mötte motstånd från kolonister. Dessa följdes av förordningarna om upptäckter 1573, som förbjöd obehöriga operationer mot oberoende indianer.
Valladoliddebatten (1550-1551) var den första moraliska debatten i europeisk historia som diskuterade koloniserarnas rättigheter och behandling av ett koloniserat folk. Hölls i Colegio de San Gregorio, i den spanska staden Valladolid, var det en moralisk och teologisk debatt om koloniseringen av Amerika, dess rättfärdigande för omvandlingen till katolicismen och mer specifikt om relationerna mellan de europeiska bosättarna och de infödda i den nya världen. Den bestod av ett antal motsatta åsikter om hur infödda skulle integreras i det koloniala livet, deras omvandling till kristendomen och deras rättigheter och skyldigheter. Enligt den franska historikern Jean Dumont Valladolid debatten var en viktig vändpunkt i världshistorien ”i det ögonblicket i Spanien verkade gryningen av de mänskliga rättigheterna”.
för att vägleda och reglera inrättandet av presidios (militära städer), uppdrag och pueblos (civila städer) utvecklade Kung Phillip II den första versionen av Indiens lagar. Denna omfattande guide bestod av 148 förordningar för att hjälpa kolonister att lokalisera, bygga och befolka bosättningar. Dessa förordningar skulle användas i det som nu kallas Sydamerika, Centralamerika, Mexiko och USA: s amerikanska väst. De kodifierade stadsplaneringsprocessen och representerade några av de första försöken till en allmän plan. Undertecknad 1573 anses Indiens lagar vara de första omfattande riktlinjerna för design och utveckling av samhällen. Dessa lagar påverkades starkt av Vitruvius tio Arkitekturböcker och Leon Battista Albertis avhandlingar om ämnet.