år 1927 flyttade Herskovits till Northwestern University i Evanston, Illinois som heltids antropolog. 1928 och 1929 gjorde han och hans fru Frances Herskovits fältarbete i Surinam, bland Saramaka (då kallad Bush Negroes) och skrev gemensamt en bok om folket.
år 1934 tillbringade Herskovits och hans fru Frances mer än tre månader i den haitiska byn Mirebalais, vars resultat han publicerade i sin bok från 1937 livet i en Haitisk Dal. På sin tid ansågs detta arbete vara en av de mest exakta skildringarna av Vodous Haitiska praxis. De detaljerade noggrant Mirebalais invånares liv och Vodou-praxis under deras tre månaders vistelse. De genomförde fältarbete i Benin, Brasilien, Haiti, Ghana, Nigeria och Trinidad. År 1938 etablerade Herskovits den nya Institutionen för antropologi vid Northwestern.
i början av 1940-talet träffade Herkovits och hans fru Frances Barbara Hadley Stein, som var i Brasilien för att undersöka avskaffandet av slaveri där. Hon introducerade dem Stanley J. Stein, en doktorand i latinamerikansk historia vid Harvard. Med råd från Herkovits spelade Stein och Stein in svarta låtar som heter jongos, som nyligen har fått stor vetenskaplig uppmärksamhet. Herskovits påverkade också Alan Lomax, som samlade afroamerikanska låtar.
1948 grundade Herskovits det första stora tvärvetenskapliga amerikanska programmet i afrikanska studier vid Northwestern University med hjälp av ett treårigt bidrag på 30 000 dollar från Carnegie Foundation, följt av ett femårigt bidrag på 100 000 dollar från Ford Foundation 1951. Programmet för afrikanska studier var det första i sitt slag vid en akademisk institution i USA. Programmets mål var att ” producera kompetensforskare inom sina respektive ämnen, som kommer att fokusera resurserna inom sina specialområden på studier av aspekter av afrikanskt liv som är relevanta för deras discipliner.”
Melville J. Herskovits Library of African Studies vid Northwestern University, som grundades 1954, är den största separata Africana-samlingen i världen. Hittills innehåller den mer än 260 000 bundna volymer, inklusive 5 000 sällsynta böcker, mer än 3 000 tidskrifter, tidskrifter och tidningar, arkiv-och manuskriptsamlingar, 15 000 böcker på 300 olika afrikanska språk, omfattande samlingar av kartor, affischer, videor och fotografier samt elektroniska resurser. 1957 grundade Herskovits African Studies Association och var organisationens första president.
Herskovits bok The Myth of the Negro Past handlar om afrikanska kulturella influenser på afroamerikaner; det avvisar uppfattningen att afroamerikaner förlorade alla spår av sitt förflutna när de togs från Afrika och förslavade i Amerika. Han spårade många element uttryckta i den samtida afroamerikanska kulturen som kunde spåras till afrikanska kulturer. Herskovits betonade ras som ett sociologiskt begrepp, inte ett biologiskt. Han hjälpte också till att skapa begreppet kulturell relativism, särskilt i sin bok Man och hans verk. Denna bok undersöker på djupet effekterna av westernization på afrikaner av olika kulturer som fördes under slaveriet till Amerika, och som sedan utvecklat en distinkt annorlunda afroamerikansk kultur som en produkt av denna förskjutning. Som LeRoi Jones har kommenterat denna text, tror vissa att införandet av dessa afrikaner till kristendomen är det som drev sådan västerlänning. Kristna begrepp skiftade slavberättelser från betoning på att resa hem till sina afrikanska ursprungsländer till att resa hem för att se sin Herre, i himlen. Utvecklingen av afroamerikanska kristna kyrkor, som fungerade som en av de enda platserna för att ge dessa folk tillgång till social rörlighet, etablerade ytterligare en tydligt västerländsk kultur bland afrikaner i Amerika. Tillsammans med dessa kyrkor kom Negro spirituals, som citeras som sannolikt den första typen av musik som är infödd i Amerika gjord av afrikaner. Ändå inkluderade utvecklingen av sådana spiritualer direkt inflytande från de afrikanska rötterna. Detta blev uppenbart i ett antal aspekter av spirituals, från införandet av samtal och svar linjer och alternativa skalor till de olika klanger och rytmer. Allt detta visar att Herskovits påståenden i denna bok bär mycket sanning och noggrannhet när det gäller upprättandet av den afroamerikanska identiteten som ättling till den afrikanska, och hur musik spelade in i sådana Skift.
Herskovits debatterade med sociologen Franklin Frazier om arten av kulturell kontakt på västra halvklotet, särskilt med hänvisning till afrikaner, europeer och deras ättlingar. Frazier betonade hur afrikaner hade anpassat sig till sin nya miljö i Amerika. Herskovits var intresserad av att visa element av kontinuitet från afrikanska kulturer till det nuvarande samhället.
efter andra världskriget förespråkade Herskovits offentligt oberoende av Afrikanska nationer från kolonialmakterna. Han kritiserade starkt amerikanska politiker för att se Afrikanska nationer som föremål för kalla krigets strategi. Herskovits kallades ofta som rådgivare för regeringen och tjänstgjorde i borgmästarens utskott för rasrelationer i Chicago (1945) och den USA: s senat Foreign Relations Committee (1959-60).
