NdeI är ett specifikt typ II-restriktionsenzym som skär upp specifika målsekvenser, till skillnad från exonukleaser. Detta enzym används i genkloning för att skära öppna läsramar i plasmiden av vissa bakterier såsom E. coli och infoga en främmande gen, såsom gfpuv-genen som kodar för biofluorescens hos jelly fish Aequorea victoria.
NdeI är användbart för att generera heterolog DNA-konstruktion eftersom den innehåller startkodon ATG. Det kan därför användas i vissa uttrycksvektorer, såsom de i pET-serien av vektorer, för ligering av början av en gen när man gör en uttryckskonstruktion. Observera dock att NdeI endast genererar ett överhäng med två baser och därför har en lägre smälttemperatur än andra restriktionsenzymer som genererar ett överhäng med fyra baser. Den har en lägre ligeringseffektivitet, eftersom ligering påverkas av ändarnas förmåga att glödgas och ett tvåbasöverhäng har en signifikant lägre smälttemperatur jämfört med ett 4-basöverhäng. Ligering av ndei-genererade ändar utförs därför bäst med högre ligaskoncentration med en längre ligeringstid, oavsett om det är vid rumstemperatur, 14-16 CCB, eller vid 4 CCB.
