namnge en ny gen? Det är bra att kolla på Sanger Centre pombe Genome project för att se om din genbeteckning redan har tagits. Du kan också reservera ett gennamn för en viss plats före publicering. Utredare uppmanas att använda genregistret för att reservera namn, föreslå namnändringar eller att kontakta GNC (gene nomenclature committee). GNC kommer att ta upp dubbla namn, icke-standardiserade beteckningar och andra sådana problem. Det kommer också att revidera nomenklaturreglerna efter behov för att säkerställa att de är uppdaterade. Gå till utskottet via webbplatsen ovan.
allmänna nomenklaturregler: Klyvningsjästgennamn uttrycks i allmänhet som ett tre bokstäver, kursivt namn följt av ett tal och ett plus för vildtyp (cdc19+; pluset ska överskrivas i normal text). I mutanter ersätts pluset med en allelbeteckning (cdc19-P1). Allelbeteckningar varierar mycket i format; vissa är bokstäver, några siffror, några en blandning.
de flesta utredare indikerar raderingar med en Δ (delta). Till exempel skrivs en störning av din favoritgen yfg1+ med ura4+ Δyfg1::ura4+ i en korrekt stamtabell, även om människor ofta använder Δ yfg1 eller yfg1Δ som kort hand i text. Nyligen har yfg1Δ blivit den föredragna beteckningen. För raderingsalleler konstruerade utan insättning använder vissa en allelbeteckning som börjar med D; t.ex. ura4-D18 är en radering av ura4+. Du kan dock inte vara säker på att ett ”D” i en allelbeteckning alltid är en radering, så var försiktig och läs litteraturen. Det uppmuntras starkt av vissa att raderingsalleler ges en unik allelbeteckning, t.ex. yfg1-D1::ura4+ men detta är inte typiskt. I flera fall har emellertid samma gen störts i olika laboratorier, och fenotyperna varierar beroende på den exakta konstruktionen. Utan en unik identifierare för ett givet labbs allel har detta lett till stor förvirring i litteraturen.
:: (dubbel kolon) används för att indikera en insättning i genomet. Det behöver inte motsvara en radering / störning, till exempel skulle märkning av ett locus genom att integrera en markör nedströms anges yfg1+::leu1+ eller yfg1+::pAB123. I allmänhet är det som kommer före :: locus, och du måste ange om det är vildtyp eller mutant; vad som kommer efter :: är det som integrerades, och du måste också identifiera det. I vissa fall använder människor en enda kolon: för att indikera en insättning och en dubbel kolon:: för att indikera en ersättning/störning.
proteiner indikeras med romersk text. I äldre litteratur följdes detta av en bifogad p (t.ex. Cdc19p). P är särskilt användbart för icke-jäst människor som kan vara obekanta med konventioner romerska kontra kursiv typ, men det har fallit i onåd. Bara för att komplicera livet ytterligare är spirande jästnomenklatur annorlunda: wildtype-gennamnen är i kursiv versaler (LEU2), mutanter (såvida inte dominerande) är i små bokstäver (leu2-3) och proteinnamn finns i romersk text (LEU2 eller Leu2).
