Fowler var medlem i en minoritetsgrupp som ägde 49,32 procent av Padres. Gruppen, ledd av dåvarande Padres verkställande direktör Jeff Moorad, försökte köpa Padres från kontrollerande ägare John Moores för 530 miljoner dollar, men affären föll igenom i April 2012. Fowler ersatte sedan Moorad som generalpartner för minoritetsgruppen, och han tjänstgjorde i Padres executive committee.
Fowler gick med i en ny grupp för att köpa Padres som inkluderade fyra arvingar till familjen O ’ Malley—som ägde Los Angeles Dodgers franchise i fem decennier. Kevin och Brian O ’Malley är söner till tidigare Dodgers ägare Peter O’ Malley och barnbarn till Walter O ’ Malley, ägaren som flyttade Dodgers west Från Brooklyn efter säsongen 1957. Peter och Tom Seidler är brorson till Peter O ’ Malley. MLB godkände försäljningen på 800 miljoner dollar, som slutfördes den 28 augusti 2012. Så mycket som 200 miljoner dollar av försäljningspriset inkluderade lagets 20-procentiga andel i Fox Sports San Diego, en kabelkanal som betalar Padres årliga avgifter som en del av ett 20-årigt avtal på 1,2 miljarder dollar. Fowler utsågs till ägargruppens verkställande ordförande och utsågs att representera Padres i alla ligamöten. Han blev den första lokalt baserade kontrollperson i laget sedan grundande ägare C. Arnholdt Smith. Under Fowler/Siedler / O ’ Malley-gruppen har Padres tecknat 3 spelare till kontrakt som slog det tidigare franchise-skivkontraktet, vilket ger 6 år och 83 miljoner dollar till Wil Myers i januari 2017, 8 år och 144 miljoner dollar till Eric Hosmer i februari 2018 och 10 år och 300 miljoner dollar till Manny Machado i februari 2019.
den 18 November 2020 godkände MLB Fowler att Fowler överförde rollen som ordförande till Peter Seidler, som köpte en andel i laget från Fowler för att bli den största intressenten. Fowler förblir med laget som vice ordförande.
