Den Okt. 9, 1962, Uganda blev självständigt, med Dr. Apollo Milton Obote, en Lango ledare för UPC, som premiärminister. Buganda fick stor autonomi. 1963 blev Uganda en republik och Mutesa valdes till president. De första åren av självständighet dominerades av en kamp mellan staten och Buganda. 1966 införde Obote en ny konstitution som avslutade Bugandas autonomi. Baganda protesterade kraftigt och verkade på väg att ta till vapen när Obote fångade Kabakas palats i Mengo, tvingade kabaka att fly från landet, och slutade effektivt Baganda-motstånd.
1967 infördes en ny konstitution som gav centralregeringen—särskilt presidenten—mycket makt och delade Buganda i fyra distrikt; de traditionella kungarna avskaffades också. 1969 beslutade Obote att följa en vänsterkurs i hopp om att överbrygga landets etniska och regionala skillnader genom en gemensam socialpolitik.
Uganda har sedan dess gått igenom turbulenta tider. I Jan. 1971 avsattes Obote, vid tiden utanför landet, i en kupp av generalmajor Idi Amin. Han skulle styra landet under de kommande åtta åren.
1978 invaderade Uganda Tanzania i ett försök att annektera Kagera-regionen. Tanzania lanserade en framgångsrik motinvasion 1979 och effektivt Förenade olika anti-Amin-styrkor under Uganda National Liberation Front (UNLF). Amins styrkor drevs ut och Amin flydde själv landet.
Uganda skulle ha flera statschefer under UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa och Paul Muwanga som ordförande för militärkommissionen.
UNLF, som lider av inre stridigheter, sopades ur makten av Milton Obote och hans parti, Uganda People ’ s Congress. National Resistance Army (nra) genomförde gerillakampanjer över hela landet och attackerade tidigare amin-anhängare efter tillbakadragandet av Tanzaniska trupper 1981. I början av 1980-talet sökte cirka 200 000 ugandier tillflykt i grannlandet Rwanda, Kongooch Sudan. 1985 avsatte en militärkupp Obote och generallöjtnant Tito Okello blev statschef.
när den inte fick någon roll i den nya regimen fortsatte NRA sin gerillakampanj och tog Kampala 1986, och dess ledare, H. E. Yoweri Kaguta Museveni, blev den nya presidenten.
Uganda antog en ny konstitution i oktober 1995 som landets högsta lag som sedan dess har etablerat en grund för demokratisk styrning i landet.
