Na aplicação dos princípios de análise de custo-benefício para os problemas do mundo real de alocação de recursos cuidado especial deve ser tomado para garantir que o bem-estar econômico, teoria que fundamenta a relação custo-benefício técnica é cumprida. Surgem grandes problemas quando os custos e os benefícios são utilizados indistintamente para representar os atributos bons e maus de um programa. Além disso, na presença de excludentes de projetos, focando a atenção sobre os benefícios líquidos (ou custo-benefício) de projectos individuais em oposição à net benefícios do uso dos recursos orçamentados pode levar a estimativas tendenciosas do preço-sombra de projetos e, consequentemente, erros de analistas conclusões. Por conseguinte, as avaliações económicas de projectos individuais não são directamente relevantes para a escolha entre projectos de dimensões diferentes que se excluem mutuamente. Ambos os tipos de problemas são ilustrados por referência tanto a exemplos simples como a avaliações económicas publicadas de técnicas de cuidados de saúde. A programação inteira é proposta e demonstrada como um método de seleção entre projetos mutuamente exclusivos.
