V uplatňování principů cost-benefit analýzy na reálných problémů, alokace zdrojů zejména je třeba dbát, aby zajistily, že sociální ekonomické teorie, která je základem nákladů a přínosů technika je dodržovat. Velké problémy nastávají v případech, kdy jsou náklady a přínosy zaměnitelně využívány k reprezentaci dobrých a špatných vlastností programu. Kromě toho, v přítomnosti vzájemně se vylučujících projektů, které se zaměřují pozornost na čisté přínosy (nebo poměr nákladů a přínosů) jednotlivých projektů v protikladu k čisté přínosy využívání rozpočtových zdrojů může vést ke zkreslené odhady stínové ceny projektů a následně chyby ve analytiků závěry. V důsledku toho nejsou ekonomická hodnocení jednotlivých projektů přímo relevantní pro výběr mezi vzájemně se vylučujícími projekty různých velikostí. Oba typy problémů jsou ilustrovány odkazem na jednoduché příklady a publikované ekonomické hodnocení technik zdravotní péče. Celočíselné programování je navrženo a demonstrováno jako metoda výběru mezi vzájemně se vylučujícími projekty.
