Dynamika E. coli beta svorka a její vliv na DNA loading

Posuvné svorky se nacházejí ve všech oblastech života a jsou nezbytné pro efektivní replikace DNA, který je nutný pokaždé, když se buňka dělí, stejně jako pro koordinaci dopravy na DNA. Escherichia coli (E. coli), beta‐svorka je ve tvaru prstence protein skládající se ze dvou identických monomerů kódovány dnaN gen, který se stýká s DNA polymeráza III a usnadňuje vysoký stupeň processivity potřebné pro replikaci DNA. Posuvné upínací proteiny se otevírají a jsou naloženy na specifické struktury DNA pomocí upínacích nakladačů v přítomnosti ATP. Naším cílem je získat vhled do příspěvků různých domén k funkci beta pomocí propojené-beta-svorky, která omezuje homodimer na jednom ze dvou rozhraní. Obvykle homo‐dimerní struktura beta‐svorka umožňuje působit jako molekulární nástroj pás, vazba více než jedné bílkoviny současně na specifický protein interakce stránek na svorky. Tak, lepší pochopení posuvné svorky roli v procesu poškození DNA tolerance budou shromážděné vyšetřuje, zda jedno rozhraní nebo vazebné místo je vhodné pro DNA loading nebo pro jiné proteinové interakce. Pro vytvoření tohoto konstruktu byla optimalizována délka a posloupnost linkerů, jakož i podmínky výrazu. Linked-beta proteiny byly charakterizovány testem tepelné denaturace a vykazovaly srovnatelnou tepelnou stabilitu s divokým typem beta. V Atpáza testu, podobné množství anorganického fosfátu byly zjištěny v reakcích, které obsahují buď spojeny‐beta nebo wild‐type beta, což naznačuje, že clamp loader může komunikovat s oběma verzemi beta clamp. V současné době zkoumáme, zda vázaný a divoký typ beta zlepšuje procesivitu polymerázy v testu rozšíření primeru. Nyní vytváříme a charakterizující variant divokého typu beta a souvisí‐beta test význam reziduí na pouze jeden z rozhraní nebo partner protein vazebná místa.



+