dům myš (Mus musculus) je malý savec z řádu Rodentia, charakteristicky mají špičatý čenich, malé zaoblené uši, a dlouhou nahý nebo téměř lysé ocas. Je to jeden z nejhojnějších druhů rodu Mus. Ačkoli divoké zvíře, domácí myš žije hlavně ve spojení s lidmi.Dům myš byl ochočit jako domácího mazlíčka, nebo fantazie myši, a jako laboratorní myš, která je jedním z nejdůležitějších modelových organismů v biologii a medicíně.
Sestava
Grcm38.sestava p6 byla předložena konsorciem Genome Reference v září 2017. Sestava je na úrovni chromozomů a skládá se z 885 spojů sestavených do 336 lešení. Z těchto sekvencí bylo postaveno 21 chromozomů. Velikost N50 je délka taková, že 50% sestaveného genomu leží v blocích velikosti N50 nebo delších. Délka N50 pro contigs je 32,273,079, zatímco lešení N50 je 52,589,046.
Gen anotace
gen anotace procesu byla provedena pomocí kombinace protein do genomu zarovnání, anotace mapování z vhodných referenčních druhů a RNA-seq zarovnání (kde RNA-seq dat s odpovídající meta data jsou veřejně k dispozici). Pro každou kandidátskou genovou oblast byl použit proces výběru pro výběr nejvhodnější sady transkriptů na základě evoluční vzdálenosti, experimentálních důkazů o zdrojových datech a kvalitě zarovnání.Malé ncrna byly získány kombinací BLAST a Infernal / RNAfold. Pseudogenes byly vypočteny při pohledu na geny s velkým procentem non-biologické introny (introny <10bp), kde gen byl pokrytý opakuje, nebo tam, kde tento gen byl jeden exon a důkaz o funkční multi-exon paralog byl nalezen jinde v genomu. lincrna byly generovány pomocí dat RNA-seq, kde v transkriptu nebyly nalezeny žádné důkazy o homologii proteinů nebo proteinových doménách.
V souladu s Fort Lauderdale Dohody, prosím, zkontrolujte publikace stav genomu/montáž před zveřejněním jakékoli celogenomových analýz pomocí těchto údajů.
