NdeI je specifický restrikční enzym typu II, který na rozdíl od exonukleáz štěpí otevřené specifické cílové sekvence. Tento enzym se používá v genu klonování rozříznout čtení snímků v plasmidu některých bakterií jako jsou E. coli a vložit cizí gen, např. gfpuv genu, který kóduje bio fluorescence z medúzy Aequorea victoria.
NdeI je užitečný při generování heterologní konstrukce DNA, protože obsahuje počáteční kodon ATG. Proto může být použit v některých expresních vektorech, jako jsou vektory řady pet, pro ligaci začátku genu při vytváření expresního konstruktu. Všimněte si však, že NdeI generuje pouze dvě-základní převis, a proto má nižší teplotu tání než jiné restrikční enzymy, které vytvářejí čtyři základní převis. Má nižší účinnost ligace, protože ligace je ovlivněna schopnost končí žíhání a dvě základní převis má výrazně nižší teplotu tání ve srovnání s 4-základna přesah. Ligace konců generovaných NdeI se proto nejlépe provádí s vyšší koncentrací ligázy s delší dobou ligace, ať už při pokojové teplotě, 14-16°C nebo při 4°C.
