Pombe Technologie

Pojmenování nového genu? Je dobré zkontrolovat v projektu genomu Sanger Centre pombe a zjistit, zda je vaše označení genu již přijato. Můžete si také rezervovat název genu pro konkrétní lokus před zveřejněním. Vyšetřovatelé se vyzývají, aby pomocí genového registru rezervovali jména, navrhli změny názvu nebo kontaktovali GNC (Výbor pro nomenklaturu genů). GNC se bude zabývat duplicitními názvy, nestandardními označeními a dalšími takovými problémy. Bude také revidovat pravidla nomenklatury podle potřeby, aby bylo zajištěno, že jsou aktuální. Přístup k výboru prostřednictvím výše uvedeného webu.
Obecné pravidla názvosloví: Štěpení kvasinky gen názvy jsou obecně vyjádřeny jako tři dopis, kurzívou název, za kterým následuje číslo, a navíc pro divoký typ (cdc19+; plus by měla být zbylého v běžném textu). U mutantů je plus nahrazen označením alely (cdc19-P1). Označení alely se velmi liší ve formátu; některé jsou písmena, některá čísla, některé mix.
většina vyšetřovatelů označuje delece s Δ(delta). Například narušení své oblíbené gen yfg1+ s ura4+ je napsáno Δyfg1::ura4+ v správné napětí stolu, i když lidé často používají Δ yfg1 nebo yfg1Δ tak krátká, ruku v textu. V poslední době se yfg1Δ stalo preferovaným označením. Pro odstranění alel konstruovaných bez vložení některé používají označení alely začínající na D; např. ura4-D18 je vymazání ura4+. Nemůžete si však být jisti, že“ D “ v označení alely je vždy smazání, proto buďte opatrní a přečtěte si literaturu. Někteří důrazně doporučují, aby deleční alely dostaly jedinečné označení alely, například yfg1-D1::ura4+, ale to není typické. V několika případech však byl stejný gen narušen v různých laboratořích a fenotypy se liší podle přesné konstrukce. Bez jedinečného identifikátoru alely dané laboratoře to vedlo ke značnému zmatku v literatuře.
:: (dvojtečka) se používá k označení vložení do genomu. To nemusí odpovídat smazání/narušení, například, označení locus integrací značka po proudu by být uvedeno yfg1+::leu1+ nebo yfg1+::pAB123. Obecně platí, že to, co přichází Před:: je lokus, a musíte uvést, zda se jedná o divoký typ nebo mutant; co přijde po:: je to, co bylo integrováno, a musíte to také identifikovat. V některých případech lidé používají jedno dvojtečka: k označení Vložení a dvojité dvojtečka :: k označení nahrazení / narušení.
proteiny jsou označeny římským textem. Ve starší literatuře následovalo připojené p (např. Cdc19p). P je zvláště užitečné pro non-kvasnice lidí, kteří by mohli být obeznámeni s konvencí roman versus kurzíva, ale vypadl z laskavosti. Jen to komplikuje život dále, pučící kvasinky názvosloví je různé: wildtype gen jména jsou kurzívou měst (LEU2), mutanti (není dominantní), jsou v případě nižší (leu2-3) a bílkovin jména jsou v římské text (LEU2 nebo Leu2).



+