Fowler byl členem menšinové skupiny, která vlastnila 49,32 procenta Padres. Skupina v čele s tehdejším šéfem Padres Jeffem Mooradem se pokusila koupit Padres od ovládajícího majitele Johna Moorese za 530 milionů dolarů, ale dohoda padla v dubnu 2012. Fowler poté nahradil Moorada jako generálního partnera menšinové skupiny a působil ve výkonném výboru Padres.
Fowler se připojil k nové skupině na nákup Padres, která zahrnovala čtyři dědici O ‚ malley rodiny, která vlastnila Los Angeles Dodgers povolení pro pět desetiletí. Kevin a Brian O ‚Malley jsou synové bývalého majitele Dodgers Petera O‘ Malleyho a vnuci Waltera O ‚ Malleyho, majitele, který po sezóně 1957 přesunul Dodgers na západ z Brooklynu. Peter a Tom Seidler jsou synovci Petera O ‚ Malleyho. MLB schválila prodej 800 milionů dolarů, který byl dokončen 28. srpna 2012. Stejně jako $200 milionů z kupní ceny zahrnuty tým je 20% podíl ve společnosti Fox Sports San Diego, kabelový kanál, který platí Padres roční poplatky jako součást 1,2 miliardy dolarů, 20-rok dohody. Fowler byl jmenován výkonným předsedou vlastnické skupiny a byl určen k zastupování Padres na všech setkáních ligy. Stal se první místně založenou kontrolní osobou týmu od založení majitele C. Arnholdt Smith. Pod Fowler/Siedler/O ‚ malley skupiny, Padres podepsali 3 hráči na smlouvy, které porazit předchozí povolení nahrávací smlouvu, dává 6 let a 83 milionů dolarů Wil Myers v lednu 2017, 8 let a $144 milionů Eric Hosmer v únoru 2018, a 10 let a 300 milionů dolarů k Manny Machado v únoru 2019.
Na 18. listopadu roku 2020, MLB schválila Fowler přenos roli předseda Petr Seidler, který koupil podíl v týmu od Fowlera, aby se stal největším zúčastněných stran. Fowler zůstává u týmu jako místopředseda.
