Oct. 9, 1962, Uganda se osamostatnila, s Dr. Apollo Milton Obote, Lango vůdce UPC, jako předseda vlády. Buganda dostala značnou autonomii. V roce 1963 se Uganda stala republikou a Mutesa byla zvolena prezidentem. V prvních letech nezávislosti dominoval boj mezi ústřední vládou a Bugandou. V roce 1966 představil Obote novou ústavu, která ukončila Bugandovu autonomii. Baganda protestoval energicky a zdálo se, na pokraji užívání se zbraní v ruce, když Obote zachytil kabaka ‚s palace v Rondonia, nucené kabaka uprchnout ze země, a skončil efektivní Baganda odpor.
V roce 1967 nové ústavy byl zaveden dává centrální vláda, zejména prezident—moc a dělení Buganda do čtyř okresů; tradiční kingships byly také zrušeny. V roce 1969 se Obote rozhodl jít levicovým směrem v naději na překlenutí etnických a regionálních rozdílů v zemi prostřednictvím společné sociální politiky.
Uganda od té doby prošla turbulentními časy. V Lednu., 1971, Obote, v té době mimo zemi, byl sesazen v převratu generálmajorem Idi Aminem. Měl zemi vládnout dalších osm let.
v roce 1978 napadla Uganda Tanzanii ve snaze připojit region Kagera. Tanzanie zahájila úspěšný boj proti invazi v roce 1979 a účinně sjednocené různé anti-Amin síly pod Ugandské Národní Osvobozenecké fronty (UNLF). Aminovy síly byly vyhnány a Amin sám uprchl ze země.
Uganda měla mít několik hlav států pod UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa a Paul Muwanga jako předseda vojenské komise.
UNLF, trpí vnitřními sváry, byl smeten z moci Milton Obote a jeho strana, ugandského lidového Kongresu. Národní Armády Odporu (NRA) provádí partyzánské kampaně po celé zemi, a po odstoupení Tanzanských vojsk v roce 1981 napadl bývalý Amin příznivců. Na začátku roku 1980, přibližně 200.000 Ugandy hledal útočiště v sousední Rwandě, Kongu a Súdánu. V roce 1985 svrhl Obote vojenský převrat a hlavou státu se stal generálplukovník Tito Okello.
když nebyla dána role v novém režimu, NRA pokračovala ve své partyzánské Kampale a v roce 1986 se ujala Kampaly a jejím vůdcem se stal Yoweri Kaguta Museveni.
Uganda přijala novou ústavu v říjnu 1995 jako nejvyšší zákon země, který od té doby založil základ pro demokratickou správu v zemi.
