N-terminální sekvencování, často odkazoval se na jako Edman sekvenování nebo Edman degradace je důležitá technika na bílkoviny studie a zůstává jedinečný přístup, který může přinést nové proteinové sekvence údajů. Je to také preferovaná technika pro rychlé potvrzení exprese proteinu.
chemie tento přístup byl poprvé představen v roce 1950 P. Edman z Lund University ve Švédsku a dále rozvíjet v průběhu jeho práce v Melbourne, Austrálie na to, co je věřil být první automatizované peptidové sekvenování zařízení.
Edmanova chemie
obr. 1. Edmanova degradační chemie pro sekvenování n-terminálních proteinů.
Na chemické reakce, které poskytují hydrolyzovaného N-terminální označené aminokyseliny jsou uvedeny na obr 1. Každý cyklus zahrnuje v podstatě 3 kroky:
- spojení phenylisothiocyanate (PITC, Edman činidla) na alfa-aminové části polypeptidového řetězce za základní podmínky k vytvoření phenylthiocarbamyl (PTC) složkou.
- Štěpení za mírně kyselých podmínek generovat volné aminokyseliny terminus na polypeptid a anilinothiazolinone (ATZ) aditované aminokyselin.
- ten se extrahuje a dále se převede na stabilnější derivát fenylthiohydantoinu (PTH).
výsledný zbytek PTH se analyzuje pomocí HPLC a retenčních časů ve srovnání s normami PTH aminokyselin.
Nežádoucí reakce a vedlejší produkty
Sekvenování cyklu chemie a práce je dobře řízené a výnosy dokonale definovaných druhů, existuje několik vedlejších produktů, které jsou zjištěny během analýzy.
, Jak je znázorněno na obrázku 2, které pocházejí především z hydrolýzy PITC a methanolysis během cyklu a patří diphenylthiourea (DPTU), N-fenyl,O-methyl-thiocarbonate (PMTC) a diphenylurea (DPU), by-produkty, které co-extrakt a co-eluuje s PTH-aminokyselin.
