Die frühen klassischen Symphonien des achtzehnten Jahrhunderts wurden ursprünglich in drei Sätzen (schnell-langsam-schnell) nach ihren Ursprüngen in der italienischen Oper Ouvertüren gegossen. Ab den 1750er Jahren war es in Deutschland und Österreich üblich, ein Menuett aufzunehmen, um das Format schnell-langsam-Menuett-schnell zu erstellen. Die Prager Symphoniker haben jedoch kein Menuett, was für eine Symphonie, die Ende der 1780er Jahre in Wien geschrieben wurde, außerordentlich ungewöhnlich gewesen wäre. Mozart selbst, der viel mehr Symphonien im altmodischen Schnell-Langsam-Schnell-Format schrieb als Haydn (wegen seiner engeren Verbindungen zu Italien), schrieb nie zuvor eine dreisätzige Symphonie für Wien, nicht einmal als Kind in den 1760er Jahren, als dreisätzige Symphonien in vielen Teilen Europas noch üblich waren. Daniel E. Freeman hat vorgeschlagen, dass das dreisätzige Format als Mittel gewählt worden sein könnte, um das Prager Musikpublikum anzusprechen. Es kommt also vor, dass der einzige Symphoniker aus Prag, den Mozart jemals gut kannte, Josef Mysliveček war, ein enger Mitarbeiter der Mozart-Familie zwischen 1770-78. Fast alle Sinfonien Myslivečeks sind in dem in Italien bevorzugten dreisätzigen Muster gegossen, wo er sein ganzes Erwachsenenleben lang hauptsächlich arbeitete. Dennoch fehlt eine definitive Erklärung für das dreisätzige Format der Prager Symphonie.
Die Prager Symphonie ist für zwei Flöten, zwei Oboen, zwei Fagotte, zwei Hörner, zwei Trompeten, Pauken und Streicher besetzt.
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Es hat drei Sätze, von denen jeder in Sonatenform vorliegt:
- Adagio – Allegro, 4
4 - Andante in G-Dur, 6
8 - Finale (Presto), 2
4
Der erste Satz beginnt mit einer langsamen Einleitung (er tut dies nur in zwei anderen Symphonien, Nr. 36 und Nr. 39). Daniel E. Freeman hat festgestellt, dass es wahrscheinlich die längste und anspruchsvollste langsame Einführung ist, die bis zu diesem Zeitpunkt für eine große Symphonie geschrieben wurde, vielleicht um die Länge des fehlenden Menuetts auszugleichen, um das gesamte Werk näher an die übliche Länge einer Standard-viersätzigen Symphonie anzupassen. Die Einleitung weicht dem Hauptteil des Satzes, in dem sechs Melodien in einem sehr kontrapunktischen Beispiel der Sonaten-Allegro-Form entwickelt und rekapituliert werden. Bestimmte Sätze im ersten Satz ähneln der Ouvertüre zu Die Zauberflöte. Das eigentliche Allegro beginnt kompliziert mit dem „ersten Thema“, das zwischen den zweiten Violinen (die es beginnen) und den ersten Violinen (die es beenden) ausgetauscht wird. Musikalisches Material, das im gesamten ersten Moll-Abschnitt des ersten Satzes zu finden ist, ähnelt dem der Ouvertüre zu Mozarts Don Giovanni. Darüber hinaus sind die Orchestereffekte in diesem Abschnitt ähnlich: Bläser und Pauken kündigen den Akkord an, während Streicher eine gleichmäßige rhythmische Harmonie mit dem Akkord spielen.
Die Struktur des zweiten Satzes ist typisch für Mozart-Symphonien aus dieser Zeit, obwohl die Musik in einem Satz kontrastierender Stimmungen in die Moll-Tonart übergeht. Es ist in der subdominanten Tonart G-Dur.
Der dritte Satz ist ein lebendiges Presto, in dem die Flöte eine herausragende Rolle spielt, insbesondere im Kontrapunkt zur Hauptmelodie im Entwicklungsteil. Dieser Satz „zeigt Mozart in einer ungewöhnlichen Stimmung, näher an Beethovens Ausgelassenheit als sein anspruchsvoller Geschmack es ihm normalerweise erlaubte.“ Beide Hälften der Bewegung haben Wiederholungen.
