La Junta de Regentes del Sistema de la Universidad de Wisconsin consta de 18 miembros, 16 de los cuales son nombrados por el Gobernador, sujeto a confirmación por el Senado. De estos 16 miembros, 14 cumplen mandatos escalonados de siete años. Dos estudiantes del Sistema UW son nombrados por períodos de dos años; uno de los dos es un estudiante no tradicional. Los dos miembros ex officio son el superintendente de instrucción pública del estado y el presidente o una persona designada por la Junta del Sistema de Escuelas Técnicas de Wisconsin.
La Junta es responsable de establecer políticas y reglas para gobernar el Sistema, planificar para satisfacer las futuras necesidades estatales de educación universitaria, establecer normas y políticas de admisión, revisar y aprobar los presupuestos universitarios y establecer el marco regulatorio dentro del cual las unidades individuales pueden operar con el mayor grado de autonomía posible. La Junta nombra al presidente del sistema universitario y a los rectores de las 13 universidades. La Junta otorga nombramientos de titularidad a los miembros de la facultad.
Las reuniones ordinarias de la Junta se celebran ocho veces al año; se programan reuniones especiales según sea necesario. Los Regentes designados sirven sin paga. El Presidente, el Vicepresidente y un Director Ejecutivo y Secretario Corporativo de tiempo completo son elegidos cada junio durante la reunión anual de la Junta. El Presidente de la Junta designa a los miembros del comité de la Junta y otros nombramientos.