Las sinfonías clásicas tempranas del siglo XVIII se fundieron originalmente en tres movimientos (rápido-lento-rápido) siguiendo sus orígenes en oberturas de ópera italianas. Luego, a partir de la década de 1750, era normal en Alemania y Austria incluir un minueto para crear el formato rápido-lento-minueto-rápido. Sin embargo, la Sinfonía de Praga no tiene minueto, algo que habría sido extraordinariamente inusual para una sinfonía escrita en Viena a finales de la década de 1780. El propio Mozart, que escribió muchas más sinfonías en el formato anticuado rápido-lento-rápido que Haydn (debido a sus conexiones más estrechas con Italia), nunca antes escribió una sinfonía de tres movimientos para Viena, ni siquiera de niño en la década de 1760, cuando las sinfonías de tres movimientos todavía eran comunes en muchas partes de Europa. Daniel E. Freeman ha sugerido que el formato de tres movimientos podría haber sido elegido como un medio para atraer al público musical de Praga. Resulta que el único sinfonista de Praga que Mozart conoció bien fue Josef Mysliveček, un estrecho colaborador de la familia Mozart entre 1770 y 1778. Sucede que casi todas las sinfonías de Mysliveček se funden en el patrón de tres movimientos preferido en Italia, donde trabajó principalmente a lo largo de su vida adulta. Sin embargo, todavía falta una explicación definitiva para el formato de tres movimientos de la Sinfonía de Praga.
La Sinfonía de Praga está compuesta para dos flautas, dos oboes, dos fagotes, dos trompas, dos trompetas, timbales y cuerdas.
Las partituras musicales están deshabilitadas temporalmente.
Tiene tres movimientos, cada uno de los cuales está en forma de sonata:
- Adagio-Allegro, 4
4 - Andante en Sol mayor, 6
8 - Finale (Presto), 2
4
El primer movimiento comienza con una introducción lenta (lo hace solo en otras dos sinfonías, la No. 36 y la No. 39). Daniel E. Freeman ha señalado que es probablemente la introducción lenta más larga y sofisticada escrita para cualquier sinfonía mayor hasta ese momento, tal vez para compensar la longitud del minueto faltante para ayudar a alinear toda la obra con la longitud habitual de una sinfonía estándar de cuatro movimientos. La introducción da paso a la parte principal del movimiento, en la que se desarrollan seis melodías y se recapitulan en un ejemplo muy contrapuntístico de forma sonata-allegro. Ciertas frases del primer movimiento se parecen a la obertura de Die Zauberflöte. El allegro propiamente dicho se abre de una manera complicada con el «primer tema» intercambiado entre los segundos violines (que lo inician) y los primeros violines (que lo terminan). El material musical que se encuentra a lo largo de la primera sección menor del primer movimiento es similar al de la obertura de Don Giovanni de Mozart. Además, los efectos orquestales durante esta sección son similares: vientos y timbales que anuncian el acorde con cuerdas que tocan una armonía rítmica uniforme con el acorde.
La estructura del segundo movimiento es típica de las sinfonías de Mozart que datan de este período, aunque la música cambia a la tonalidad menor en un movimiento de estados de ánimo contrastantes. Está en la tonalidad subdominante de Sol mayor.
El tercer movimiento es un Presto animado en el que la flauta juega un papel destacado, especialmente en contrapunto de la melodía principal en la sección de desarrollo. Este movimiento «muestra a Mozart en un ambiente inusual, más cercano al bullicio de Beethoven de lo que su gusto exigente normalmente le permitía ir.»Ambas mitades del movimiento tienen repeticiones.
