kotihiiri (Mus musculus) on pieni Rodentia-lahkoon kuuluva nisäkäs, jolla on tyypillisesti terävä kuono, pienet pyöristyneet korvat ja pitkä paljas tai lähes karvaton häntä. Se on yksi Runsaslukuisimmista Mus-suvun lajeista. Vaikka kotihiiri on villieläin, se elää pääasiassa ihmisten seurassa.Kotihiiri on kesytetty lemmikkieläimeksi eli fancy-hiireksi sekä laboratoriohiireksi, joka on yksi biologian ja lääketieteen tärkeimmistä malliorganismeista.
Assembly
The GRCm38.P6 Assemblyn toimitti Genome Reference Consortium syyskuussa 2017. Kokoonpano on kromosomitasolla ja koostuu 885 kontigista, jotka on koottu 336 telineeseen. Näistä sekvensseistä on rakennettu 21 kromosomia. N50-koko on niin pitkä, että 50% kootusta genomista sijaitsee N50-kokoisissa tai sitä pidemmissä lohkoissa. N50 pituus contigs on 32,273,079 kun taas teline N50 on 52,589,046.
Geeniliittymä
geeniliittelyprosessi toteutettiin yhdistämällä proteiinin ja perimän väliset linjaukset, sopivan vertailulajin merkintäkartoitus ja RNA-seq-linjaukset (joissa RNA-seq-tiedot asianmukaisine metatietoineen olivat julkisesti saatavilla). Kullekin kandidaattigeenin alueelle sovellettiin valintaprosessia sopivimpien transkriptien valitsemiseksi evolutiivisen etäisyyden, lähdetietojen kokeellisen todistusaineiston ja linjausten laadun perusteella.Pienet ncrnat saatiin Blastin ja infernaalisen/Rnafoldin yhdistelmällä. Pseudogeenit laskettiin tarkastelemalla geenejä, joissa oli suuri osa ei-biologisista introneista (intronit <10bp), joissa geeni peittyi toistoihin tai joissa geeni oli yksittäinen eksoni ja näyttöä toimivasta monieksoniparalogista löytyi muualta genomista. lincrnat syntyivät RNA-seq-aineistosta, jossa transkriptiosta ei löytynyt viitteitä proteiinihomologiasta tai proteiinidomeeneista.
Fort Lauderdalen sopimuksen mukaisesti tarkista genomin/kokoonpanon julkaisutilanne ennen genomin laajuisten analyysien julkaisemista näiden tietojen avulla.
