Espanjan läsnäolo alueella voidaan jäljittää vuonna 1476 perustettuun Santa Cruz de la Mar Pequeña-nimiseen siirtokuntaan. Berberien hyökkäysten jälkeen espanjalaiset päättivät keskittyä muiden Pohjois-Afrikan alueiden asuttamiseen ja luopuivat alueesta.
1800-luvun puolivälissä, kun eurooppalaiset suurvallat etsivät jälleen Afrikasta resursseja, Espanja kiinnostui yllättäen menetetystä myöhäiskeskiaikaisesta linnoituksestaan saadakseen Marokon eteläosan itselleen. Tämä toimi tekosyynä lyhyelle sodalle Marokkoa vastaan vuonna 1859.
Marokon sulttaanikunta luovutti alueen ja sen tärkeimmän kaupungin Sidi Ifnin Espanjalle 26. huhtikuuta 1860, mutta kiinnostus siirtomaakauppaan oli vähäistä ennen vuotta 1934, jolloin Espanjan Saharan kenraalikuvernööri asettui asumaan. Lentoasemasta oli tullut tärkeä välilaskupaikka mantereen ja Kanariansaarten välisille lennoille, ja vuonna 1938 perustettiin lentoyhtiö Iberia, joka yhdisti Sevillan, Larachen, Sidi Ifnin, Cape Jubyn ja Gandon Kanariansaarille.
vuoteen 1952 saakka Ifnin alueella oli protektoraatin asema. Tänä vuonna alueesta tuli osa Espanjan Länsi-Afrikkaa (yhteisö, joka ryhmitti Espanjan Saharan ja Cape Jubyn siirtomaat).
Ifnin sodan (1957) jälkeen suurin osa alueesta miehitettiin de facto Morocco.In 1958 siirtokunnasta tehtiin Espanjan provinssi, jotta YK ei arvostelisi siirtokuntien jatkamista.
4.tammikuuta allekirjoitetun ja 22. huhtikuuta ratifioidun sopimuksen jälkeen Espanja palautti alueen virallisesti Marokolle 30. kesäkuuta 1969.
