sovellettaessa kustannus-hyötyanalyysin periaatteita reaalimaailman resurssien kohdentamiseen liittyviin ongelmiin on erityisesti huolehdittava siitä, että kustannushyötytekniikan taustalla olevaa hyvinvointitalousteoriaa noudatetaan. Suuria ongelmia syntyy, kun kustannuksia ja hyötyjä käytetään korvaamaan ohjelman hyviä ja huonoja ominaisuuksia. Jos kyseessä ovat toisensa poissulkevat hankkeet, huomion kiinnittäminen yksittäisten hankkeiden nettohyötyihin (tai kustannus-hyötysuhteeseen) verrattuna budjetoitujen varojen käytöstä saatavaan nettohyötyyn voi johtaa vääristyneisiin arvioihin hankkeiden varjohinnasta ja näin ollen virheisiin analyytikoiden päätelmissä. Tämän vuoksi yksittäisten hankkeiden taloudellisilla arvioinneilla ei ole suoraa merkitystä valittaessa toisensa poissulkevien, erikokoisten hankkeiden välillä. Molempia ongelmatyyppejä havainnollistetaan viittaamalla sekä yksinkertaisiin esimerkkeihin että julkaistuihin taloudellisiin arvioihin terveydenhuollon tekniikoista. Kokonaislukuohjelmaa ehdotetaan ja osoitetaan menetelmänä valita toisensa poissulkevien hankkeiden välillä.
