inkojen armeija oli suurimmaksi osaksi organisoitu hyvin pitkälti nykyisen armeijamme kaltaiseksi. Desimaaliyksiköiden perusteella kymmenen miehen joukolla oli alikersantti ja viidellä kymmenen hengen ryhmällä kersantti. Tämä järjestys jatkui upseerien valvoessa 100, 500, 1 000 ja 5 000 hengen ryhmiä. Ylin komentaja oli Sapa inca (keisari). Ansiokas palvelus armeijassa palkittiin soturien yhteiskunnallisesta asemasta riippumatta.
lähitaistelu oli yleisin taistelumuoto. Inkat käyttivät taistelukirveitä ja keihäitä, jotka oli tehty kuparista, pronssista ja kivestä. Nämä aseet eivät kuitenkaan olleet tarpeeksi teräviä läpäisemään espanjalaisia panssareita. Lisäksi he käyttivät erilaisia mailoja. Suurin, porra, vaati kaksi kättä. Se koostui pitkästä puukahvasta, jossa oli kupari-tai kivipallo, jossa oli viisi tai kuusi ulkonevaa pistettä. Porra ei pystynyt läpäisemään espanjalaisen kypärää. Yksi tehokkaimmista inkojen käyttämistä aseista oli linko eli warak ’ A, joka heitteli kiviä niin voimakkaasti, että he pystyivät murtamaan espanjalaisen miekan kahtia. Inkat käyttivät Kyllä jousta ja nuolta, mutta ne eivät olleet kovin tarkkoja ja ne olivat hyödyttömiä myös espanjalaisia haarniskoja vastaan.
Inkasotilaat olivat iältään 25-50-vuotiaita. Kaikilla oli mittava sotilaskoulutus. Heillä oli päällään puuvilla-tai alpakkaviritelmät, ja heidän kypäränsä oli tehty pajusta. Monet kypärät oli koristeltu kirkkaanvärisillä höyhenillä. Lisäksi he käyttivät paksusti tikattua puuvillapanssaria.
Inkat asettuivat riviin kantamansa aseen mukaan. Ne, jotka kantoivat aseita, jotka pystyivät iskemään kaukaa, sijoitettiin etulinjaan. Näihin kuuluivat jousiampujat, keihäänheittäjät ja keihäänheittäjät. Heitä seurasivat kirves-ja nuijamiehet. Inkojen sotilaskomentajat kannettiin ylös taistelukentälle roskalaumoissa. Ennen taisteluun ryhtymistä keisari joukkoineen paastosi. Paasto päättyi valtavaan juhlaan ja valtavien määrien maissioluen nauttimiseen.
inkojen sotilasstrategia ei ollut monimutkainen. He jakoivat joukkonsa kolmeen ryhmään. Ensimmäinen ryhmä hyökkäsi edestä kahden muun ryhmän kiertäessä ja hyökätessä takaa. Inkat katkaisivat myös vedenjakelun, viestintäyhteydet ja ruokavarastot. Kun Inkat lähestyivät vihollisiaan, he päästivät korvia hivelevää ääntä. He puhalsivat kotilotorviin, viheltivät, hakkasivat rumpuja, tanssivat ja huusivat. Tämä strategia pelottaisi vastapuolta. Joskus Inkajoukot lisäsivät asevarastoihinsa niiden maiden aseita, jotka he olivat kukistaneet. Näin he löysivät Bolan, joka oli erittäin tehokas espanjalaisia hevosia vastaan. Bola oli köysi, johon oli kiinnitetty kolme kiveä, ja oikein heitettynä se saattoi ympäröidä vihollisen kädet ja jalat.
