vuonna 1927 Herskovits siirtyi Northwestern Universityyn Evanstoniin, Illinoisiin päätoimiseksi antropologiksi. Vuosina 1928 ja 1929 hän teki vaimonsa Frances Herskovitsin kanssa kenttätyötä Surinamessa Saramakien (silloisen nimen mukaan Bush Negroes) parissa ja kirjoitti yhdessä kirjan kansasta.
vuonna 1934 Herskovits vietti vaimonsa Francesin kanssa yli kolme kuukautta Haitilaisessa mirebalais ’ n kylässä, jonka tutkimustulokset hän julkaisi vuonna 1937 ilmestyneessä kirjassaan Life in a Haitian Valley. Tätä teosta pidettiin aikanaan yhtenä tarkimmista haitilaisen Vodoun käytännön kuvauksista. He kuvailivat huolellisesti Mirebalais ’ n asukkaiden elämää ja Vodou-käytäntöjä heidän kolmen kuukauden oleskelunsa aikana. He tekivät kenttätyötä Beninissä, Brasiliassa, Haitissa, Ghanassa, Nigeriassa ja Trinidadissa. Vuonna 1938 Herskovits perusti Northwesterniin uuden antropologian laitoksen.
1940-luvun alussa Herkovits ja hänen vaimonsa Frances tapasivat Barbara Hadley Steinin, joka oli Brasiliassa tekemässä tutkimusta orjuuden lakkauttamisesta siellä. Hän esitteli heille Stanley J. Stein opiskelee Harvardissa Latinalaisen Amerikan historiaa. Herkovitsin neuvosta Stein ja Stein levyttivät jongoiksi kutsuttuja mustia lauluja, jotka ovat viime aikoina saaneet paljon tieteellistä huomiota. Herskovits vaikutti myös Alan Lomaxiin, joka keräsi afroamerikkalaisia lauluja.
vuonna 1948 Herskovits perusti Northwestern Universityssä ensimmäisen merkittävän poikkitieteellisen amerikkalaisen Afrikan tutkimuksen ohjelman Carnegie-säätiön kolmivuotisen, 30 000 dollarin apurahan turvin, jota seurasi Fordin Säätiön viisivuotinen 100 000 dollarin apuraha vuonna 1951. Afrikan opintojen ohjelma oli ensimmäinen laatuaan yhdysvaltalaisessa korkeakoulussa. Ohjelman tavoitteena oli ” tuottaa omien oppiaineidensa osaamisen oppineita, jotka keskittävät erityisalojensa resurssit oman tieteenalansa kannalta merkityksellisten afrikkalaisen elämän osa-alueiden tutkimiseen.”
vuonna 1954 perustettu Melville J. Herskovits Library of African Studies at Northwestern University on maailman suurin erillinen Africana-kokoelma. Tähän mennessä se sisältää yli 260000 sidottua nidettä, mukaan lukien 5000 harvinaista kirjaa, yli 3000 aikakaus -, aikakaus-ja sanomalehteä, arkisto-ja käsikirjoituskokoelmia, 15000 kirjaa 300 eri afrikkalaisella kielellä, laajoja karttoja, julisteita, videoita ja valokuvia sekä sähköisiä aineistoja. Vuonna 1957 Herskovits perusti African Studies Associationin ja oli järjestön ensimmäinen puheenjohtaja.
Herskovitsin kirja Neekerimenneisyyden myytti kertoo afrikkalaisista kulttuurivaikutteista afroamerikkalaisiin; se torjuu käsityksen, että afroamerikkalaiset menettivät kaikki jäljet menneisyydestään, kun heidät vietiin Afrikasta ja orjuutettiin Amerikassa. Hän jäljitti lukuisia nykyajan afroamerikkalaisessa kulttuurissa ilmeneviä elementtejä, jotka voitiin jäljittää afrikkalaisiin kulttuureihin. Herskovits korosti rotua sosiologisena käsitteenä, ei biologisena. Hän auttoi myös muovaamaan kulttuurirelativismin käsitettä erityisesti teoksessaan ”ihminen ja hänen teoksensa”. Tässä kirjassa tarkastellaan syvällisesti länsimaistumisen vaikutuksia afrikkalaisiin, jotka tuotiin orjuuden aikana Amerikkaan ja jotka sitten kehittivät selvästi erilaisen afroamerikkalaisen kulttuurin tämän syrjäyttämisen tuloksena. Kuten Leroi Jones on kommentoinut tätä raamatunkohtaa, jotkut uskovat, että näiden afrikkalaisten omaksuminen kristillisyyteen sai aikaan tällaisen länsimaistumisen. Kristilliset käsitykset siirtyivät orjien kertomusten painottamisesta kotimatkasta afrikkalaisiin lähtömaihinsa matkustamiseen kotiin tapaamaan Herraansa taivaassa. Afroamerikkalaisten kristillisten kirkkojen kehitys, jotka olivat ainoita paikkoja, jotka tarjosivat näille kansoille mahdollisuuden sosiaaliseen liikkuvuuteen, vakiinnutti edelleen selvästi länsimaisen kulttuurin Amerikan afrikkalaisten keskuudessa. Näiden kirkkojen mukana tuli negrospirituaaleja, joiden sanotaan olevan todennäköisesti ensimmäinen afrikkalaisten tekemä musiikki, joka on kotoisin Amerikasta. Tällaisten spirituaalien kehitykseen sisältyi kuitenkin suoraa vaikutusta afrikkalaisilta juurilta. Tämä kävi ilmi spirituaalien monilta piirteiltä, puhelu-ja vastauslinjojen ja vaihtoehtoisten asteikkojen sisällyttämisestä erilaisiin sointeihin ja rytmeihin. Kaikki tämä osoittaa, että Herskovitsin tässä kirjassa esittämät väitteet sisältävät paljon totuutta ja paikkansapitävyyttä afroamerikkalaisen identiteetin vakiintumisesta afrikkalaisen identiteetin jälkeläisenä ja siitä, miten musiikki vaikutti tällaisiin muutoksiin.
Herskovits väitteli sosiologi Franklin Frazierin kanssa Kulttuurikontaktien luonteesta läntisellä pallonpuoliskolla, erityisesti viitaten afrikkalaisiin, eurooppalaisiin ja heidän jälkeläisiinsä. Frazier korosti, miten afrikkalaiset olivat sopeutuneet uuteen ympäristöönsä Amerikoissa. Herskovits halusi tuoda esiin jatkuvuuden elementtejä afrikkalaisista kulttuureista nykyiseen yhteisöön.
toisen maailmansodan jälkeen Herskovits ajoi julkisesti Afrikan valtioiden itsenäisyyttä siirtomaavalloista. Hän arvosteli voimakkaasti amerikkalaisia poliitikkoja siitä, että he pitävät Afrikan maita kylmän sodan strategian kohteina. Usein hallituksen neuvonantajana kutsuttu Herskovits toimi Chicagon pormestarin rotusuhteiden komiteassa (1945) ja Yhdysvaltain senaatin ulkosuhteiden komiteassa (1959-60).
