NdeI on spesifinen tyypin II restriktioentsyymi, joka leikkaa auki spesifisiä kohdesekvenssejä, toisin kuin eksonukleaasit. Tätä entsyymiä käytetään geenien kloonauksessa avaamaan lukukehyksiä tiettyjen bakteerien, kuten kolibakteerin plasmidissa ja lisäämään siihen vieraan geenin, kuten gfpuv-geenin, joka koodaa hyytelökalan aequorea Victorian biofluoresenssia.
NdeI on hyödyllinen heterologisen DNA-Konstruktion generoinnissa, koska se sisältää alkukodonin ATG. Siksi sitä voidaan käyttää eräissä lausekkeiden vektoreissa, kuten pET-sarjan vektoreissa, geenin alun ligaatioon, kun tehdään lausekkeen konstruktio. Huomaa kuitenkin, että NdeI tuottaa vain kaksiemäksisen ylityksen, minkä vuoksi sen sulamislämpötila on alhaisempi kuin muilla restriktioentsyymeillä, jotka tuottavat neliemäksisen ylityksen. Sillä on pienempi ligaatiotehokkuus, koska ligaatioon vaikuttaa päiden kyky hehkuttaa ja kahden emäsylinterin sulamislämpötila on huomattavasti pienempi kuin 4-emäsylinterin. NdeI: n synnyttämien päiden ligaatio tapahtuu siksi parhaiten suuremmalla ligaasipitoisuudella ja pidemmällä ligaatioajalla joko huoneenlämmössä 14-16°C tai 4°C: ssa.
