Fowler kuului vähemmistöryhmään, joka omisti 49,32 prosenttia Padreista. Silloisen Padresin toimitusjohtajan Jeff Mooradin johtama ryhmä yritti ostaa Padresin määräysvaltaa käyttävältä omistajalta John Mooresilta 530 miljoonalla dollarilla, mutta kauppa kaatui huhtikuussa 2012. Tämän jälkeen Fowler syrjäytti Mooradin vähemmistöryhmän pääyhteistyökumppanina, ja hän toimi Padresin toimeenpanevassa komiteassa.
Fowler liittyi uuteen ryhmään ostaakseen Padresin, johon kuului neljä O ’ Malleyn perheen perillistä—jotka omistivat Los Angeles Dodgersin franchising-yhtiön viiden vuosikymmenen ajan. Kevin ja Brian O ’Malley ovat Dodgersin entisen omistajan Peter O’ Malleyn poikia ja Dodgersin länteen Brooklynista kauden 1957 jälkeen siirtäneen Walter O ’ Malleyn pojanpoikia. Peter ja Tom Seidler ovat Peter O ’ Malleyn veljenpoikia. MLB hyväksyi 800 miljoonan dollarin kaupan, joka valmistui 28. elokuuta 2012. Peräti 200 miljoonan dollarin kauppahintaan sisältyi joukkueen 20 prosentin osuus kaapelikanava Fox Sports San Diegosta, joka maksaa Padresille vuosimaksut osana 1,2 miljardin dollarin, 20 vuoden sopimusta. Fowler nimettiin omistajaryhmän johtavaksi puheenjohtajaksi ja hänet nimettiin edustamaan Padresia kaikissa liigan kokouksissa. Hänestä tuli tallin ensimmäinen paikallinen ohjastaja perustajajäsen C. Arnholdt Smithin jälkeen. Alle Fowler/Siedler / O ’ Malley group, Padres ovat allekirjoittaneet 3 pelaajaa sopimuksia, jotka päihittävät edellisen franchising levytyssopimuksen, antaa 6 vuotta ja $83 miljoonaa Wil Myers tammikuussa 2017, 8 vuotta ja $144 miljoonaa Eric Hosmer helmikuussa 2018, ja 10 vuotta ja $300 miljoonaa Manny Machado helmikuussa 2019.
18.marraskuuta 2020 MLB hyväksyi Fowlerin siirtävän puheenjohtajan tehtävän Peter Seidlerille, joka osti osuuden joukkueesta fowlerilta tullakseen suurimmaksi sidosryhmäksi. Fowler jatkaa joukkueen varapuheenjohtajana.
