Lokakuuta. 9, 1962, Uganda itsenäistyi, tohtori Apollo Milton Obote, lango johtaja UPC, pääministerinä. Buganda sai huomattavan itsehallinnon. Vuonna 1963 Ugandasta tuli tasavalta, ja Mutesa valittiin presidentiksi. Itsenäisyyden ensimmäisiä vuosia hallitsi keskushallinnon ja Bugandan välinen kamppailu. Vuonna 1966 Obote otti käyttöön uuden perustuslain, joka lopetti Bugandan autonomian. Bagandat protestoivat voimakkaasti ja näyttivät tarttuvan aseisiin, kun Obote valtasi Kabakan palatsin Mengossa, pakotti Kabakan pakenemaan maasta ja lopetti tehokkaan Bagandojen vastarinnan.
vuonna 1967 otettiin käyttöön uusi perustuslaki, joka antoi keskushallitukselle—erityisesti presidentille—paljon valtaa ja jakoi Bugandan neljään piirikuntaan; myös perinteiset kuninkaat lakkautettiin. Vuonna 1969 Obote päätti lähteä vasemmistolaiselle linjalle siinä toivossa, että maan etniset ja alueelliset erot saataisiin kurottua umpeen yhteisellä sosiaalipolitiikalla.
Uganda on sittemmin käynyt läpi levottomia aikoja. Tammikuuta. Vuonna 1971 Obote syrjäytettiin tuolloin maan ulkopuolella kenraalimajuri Idi Aminin vallankaappauksessa. Hänen oli määrä hallita maata seuraavat kahdeksan vuotta.
vuonna 1978 Uganda hyökkäsi Tansaniaan yrittäessään liittää Kageran alueen itseensä. Tansania aloitti menestyksekkään vastahyökkäyksen vuonna 1979 ja yhdisti tehokkaasti eri Aminin vastaiset joukot Ugandan Kansallisen vapautusrintaman (UNLF) alaisuuteen. Aminin joukot ajettiin pois ja Amin itse pakeni maasta.
Ugandassa tuli olla useita UNLF: n alaisia valtionpäämiehiä: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa ja Paul Muwanga sotilaskomission puheenjohtajana.
sisäisistä riidoista kärsinyt UNLF ajautui Milton Oboten ja hänen puolueensa Ugandan kansankongressin vallasta. Kansallinen vastarinta-armeija (NRA) teki sissikampanjoita eri puolilla maata ja tansanialaisten joukkojen vetäydyttyä vuonna 1981 hyökkäsi Aminin entisiä tukijoita vastaan. 1980-luvun alussa noin 200 000 ugandalaista haki turvaa naapurimaista Ruandasta, Kongosta ja Sudanista. Vuonna 1985 Obote syrjäytettiin sotilasvallankaappauksella, ja kenraaliluutnantti Tito Okellosta tuli maan valtionpäämies.
kun sille ei annettu roolia uudessa hallinnossa, NRA jatkoi sissikampanjaansa ja valtasi Kampalan vuonna 1986, ja sen johtajasta H. E. Yoweri Kaguta Musevenista tuli uusi presidentti.
Uganda hyväksyi lokakuussa 1995 maan ylimmäksi laiksi uuden perustuslain, joka on sittemmin luonut pohjan maan demokraattiselle hallinnolle.
