Les premières symphonies classiques du XVIIIe siècle étaient à l’origine coulées en trois mouvements (rapide- lent-rapide) suivant leurs origines dans les ouvertures d’opéra italiennes. Puis, à partir des années 1750, il était normal en Allemagne et en Autriche d’inclure un menuet pour créer le format rapide-lent -menuet-rapide. La Symphonie de Prague n’a cependant pas de menuet, ce qui aurait été extraordinairement inhabituel pour une symphonie écrite à Vienne à la fin des années 1780. Mozart lui-même, qui a écrit beaucoup plus de symphonies dans le format rapide-lent-rapide à l’ancienne que Haydn (en raison de ses liens plus étroits avec l’Italie), n’avait jamais écrit de symphonie en trois mouvements pour Vienne, même lorsqu’il était enfant dans les années 1760, lorsque les symphonies en trois mouvements étaient encore courantes dans de nombreuses régions d’Europe. Daniel E. Freeman a suggéré que le format en trois mouvements aurait pu être choisi comme moyen de plaire au public musical de Prague. Il se trouve que le seul symphoniste de Prague que Mozart ait connu était Josef Mysliveček, un proche de la famille Mozart entre 1770 et 1778. En fait, presque toutes les symphonies de Mysliveček sont fondues dans le schéma en trois mouvements privilégié en Italie, où il a principalement travaillé tout au long de sa vie adulte. Néanmoins, une explication définitive du format en trois mouvements de la Symphonie de Prague manque encore.
La Symphonie de Prague est écrite pour deux flûtes, deux hautbois, deux bassons, deux cors, deux trompettes, timbales et cordes.
Elle comporte trois mouvements, chacun de forme sonate:
- Adagio – Allegro, 4
4 - Andante en sol majeur, 6
8 - Finale (Presto), 2
4
Le premier mouvement commence par une introduction lente (il ne le fait que dans deux autres symphonies, no 36 et no 39). Daniel D. Freeman a noté qu’il s’agit probablement de l’introduction lente la plus longue et la plus sophistiquée écrite pour une symphonie majeure jusqu’à cette époque, peut-être pour compenser la longueur du menuet manquant afin de rapprocher l’ensemble de l’œuvre de la longueur habituelle d’une symphonie standard en quatre mouvements. L’introduction cède la place à la partie principale du mouvement, dans laquelle six mélodies sont développées et récapitulées dans un exemple très contrapuntique de forme sonate-allegro. Certaines phrases du premier mouvement ressemblent à l’ouverture de Die Zauberflöte. L’allegro proprement dit s’ouvre de manière compliquée avec le « premier thème » échangé entre les seconds violons (qui le commencent) et les premiers violons (qui le terminent). Le matériel musical que l’on retrouve tout au long de la première section mineure du premier mouvement est similaire à celui de l’ouverture du Don Giovanni de Mozart. De plus, les effets orchestraux de cette section sont similaires: vents et timbales annonçant l’accord avec des cordes jouant une harmonie rythmée uniforme avec l’accord.
La structure du deuxième mouvement est typique des symphonies de Mozart datant de cette période, bien que la musique se déplace dans la tonalité mineure dans un mouvement d’ambiances contrastées. Il est dans la clé sous-dominante de sol majeur.
Le troisième mouvement est un Presto animé dans lequel la flûte joue un rôle de premier plan, en particulier dans le contrepoint de la mélodie principale dans la section de développement. Ce mouvement « montre Mozart dans une humeur inhabituelle, plus proche de la turbulence de Beethoven que son goût fastidieux ne le laissait normalement aller. » Les deux moitiés du mouvement ont des répétitions.