Supponiamo che ci sia un singolo gene coinvolto nella codifica del pigmento che rende l’iride dell’occhio umano. Pensa a due alleli o varietà di questo gene: uno per il pigmento marrone e un altro per il pigmento blu. È noto che se si verificano entrambi, l’espressione del pigmento marrone (N) è dominante rispetto al blu (n), chiamato recessivo. Ricordiamo anche che l’homo sapiens è una specie diploide; cioè, ogni genitore fornisce un set completo di geni in modo che l’individuo abbia due set. Quindi, mentre per un individuo con gli occhi azzurri sappiamo che fenotipo e genotipo saranno gli stessi (colore blu dell’iride, alleli n e n), in un individuo con gli occhi scuri questa corrispondenza fenotipo-genotipo può esistere (alleli N e N) o meno (alleli N e n), manifestando quindi il fenotipo con il carattere genotipico dominante (N).
Poiché i fenotipi sono molto più facili da osservare rispetto ai genotipi, la genetica classica usa i fenotipi per determinare le funzioni geniche. Esperimenti di riproduzione possono testare queste interferenze. In questo modo, i primi studi genetici sono in grado di tracciare modelli ereditari senza fare uso della biologia molecolare.