I viceré spagnoli nelle Americhe a volte hanno generato conflitti tra i popoli indigeni (“nativi” o “indiani”) e i coloni spagnoli. Gli spagnoli tentarono di controllare i nativi per forzare il loro lavoro. Allo stesso tempo, si verificarono conflitti sulla politica e l’attuazione tra gli encomenderos e la Corona.
Due delle principali serie di leggi emesse nel 16 ° secolo regolavano l’interazione spagnola con i popoli nativi, una questione di cui la Corona si preoccupò rapidamente subito dopo i viaggi di Cristoforo Colombo e del suo governatorato. Le leggi di Burgos (1512), firmate dal re Ferdinando II d’Aragona, si concentravano sul benessere dei popoli nativi conquistati. La questione è stata rivisitata dopo Bartolomé de las Casas ha portato l’attenzione sugli abusi compiuti da encomenderos. Le leggi di Burgos furono riviste dalle Nuove leggi del 1542 emanate da Carlos I e rapidamente riviste di nuovo nel 1552, dopo che le leggi incontrarono resistenza da parte dei coloni. Queste furono seguite dalle Ordinanze riguardanti le scoperte nel 1573, che proibivano qualsiasi operazione non autorizzata contro i nativi americani indipendenti.
Il Valladolid dibattito (1550-1551) è stato il primo dibattito morale nella storia Europea per discutere di diritti e di trattamento di un popolo colonizzato dai colonizzatori. Tenuto nel Colegio de San Gregorio, nella città spagnola di Valladolid, è stato un dibattito morale e teologico sulla colonizzazione delle Americhe, la sua giustificazione per la conversione al cattolicesimo e più specificamente sui rapporti tra i coloni europei e i nativi del Nuovo Mondo. Consisteva in una serie di opinioni opposte sul modo in cui i nativi dovevano essere integrati nella vita coloniale, la loro conversione al cristianesimo e i loro diritti e doveri. Secondo lo storico francese Jean Dumont Il dibattito di Valladolid fu un importante punto di svolta nella storia del mondo “In quel momento in Spagna apparve l’alba dei diritti umani”.
Per guidare e regolarizzare la creazione di presidi (città militari), missioni e pueblos (città civili), re Filippo II sviluppò la prima versione delle leggi delle Indie. Questa guida completa era composta da 148 ordinanze per aiutare i coloni a localizzare, costruire e popolare gli insediamenti. Queste ordinanze sarebbero utilizzate in tutto ciò che ora è chiamato Sud America, America Centrale, Messico e l’Ovest americano degli Stati Uniti. Hanno codificato il processo di pianificazione urbana e rappresentato alcuni dei primi tentativi di un piano generale. Firmate nel 1573, le Leggi delle Indie sono considerate le prime linee guida ad ampio raggio verso la progettazione e lo sviluppo delle comunità. Queste leggi furono fortemente influenzate dai Dieci libri di architettura di Vitruvio e dai trattati di Leon Battista Alberti sull’argomento.