NdeI è un enzima specifico di restrizione di tipo II che taglia sequenze bersaglio specifiche aperte, a differenza delle esonucleasi. Questo enzima è utilizzato nella clonazione genica per tagliare i fotogrammi di lettura aperti nel plasmide di alcuni batteri come E. coli e inserire un gene estraneo, come il gene gfpuv che codifica per la bio fluorescenza del pesce gelatina Aequorea victoria.
NdeI è utile nella generazione di costrutto DNA eterologo perché contiene il codone di partenza ATG. Può quindi essere utilizzato in alcuni vettori di espressione, come quelli della serie pET di vettori, per la legatura dell’inizio di un gene quando si crea un costrutto di espressione. Si noti tuttavia che NdeI genera solo uno sbalzo a due basi e quindi ha una temperatura di fusione inferiore rispetto ad altri enzimi di restrizione che generano uno sbalzo a quattro basi. Ha un’efficienza di legatura inferiore, poiché la legatura è influenzata dalla capacità delle estremità di ricottura e uno sbalzo a due basi ha una temperatura di fusione significativamente inferiore rispetto a uno sbalzo a 4 basi. La legatura delle estremità generate da NdeI viene quindi eseguita al meglio con una concentrazione di ligasi più elevata con un tempo di legatura più lungo, a temperatura ambiente, 14-16°C o a 4°C.
