Già nell’anno 782 iniziò la vendita di pesce nella zona, grazie alle acque sotterranee fredde disponibili sul sito, che consentivano di mantenere freschi pesce e altre carni in un luogo vicino al Palazzo Imperiale di Kyoto.
Nel 1615, per la prima volta il luogo ricevette ufficialmente il permesso ufficiale dal governo di Bakufu per condurre la vendita di pesce, essendo questo il primo passo per diventare un rinomato mercato che è oggi.
Nel 1883, dopo la Restaurazione Meiji, a causa della forte concorrenza tra stabilimenti il numero o negozi fu ridotto a soli 7.
Nel 1911, una nuova associazione che promuove il mercato come luogo per la vendita di pesce e frutti di mare Come risultato, il mercato ha visto una rinnovata vitalità.
Nel 1927, il mercato centrale all’ingrosso di Kyoto aperto e molti negozi si trasferirono lì dal mercato di Nishiki.
Nel 1928, una nuova associazione promosse l’apertura di negozi che offrivano frutta, verdura, carni e altri prodotti alimentari. Questo segna il punto da dove il mercato ha cominciato ad essere conosciuto come “cucina di Kyoto”.
Nel 1984 è stato installato l’attuale pavimento in ciottoli e nel 1993 è stato installato l’attuale tettoia arcade.
Nell’anno 2005 “Nishiki Market” è stato registrato come marchio.
