Nominare un nuovo gene? È una buona idea controllare al Sanger Centre pombe genome project per vedere se la designazione del gene è già stata presa. È inoltre possibile prenotare un nome gene per un particolare locus prima della pubblicazione. I ricercatori sono invitati a utilizzare il registro dei geni per riservare i nomi, per proporre cambiamenti di nome, o di contattare il GNC (gene nomenclature committee). Il GNC affronterà nomi duplicati, designazioni non standard e altri problemi simili. Essa rivedrà inoltre le regole di nomenclatura, se necessario, per assicurarne l’aggiornamento. Accedere al comitato attraverso il sito di cui sopra.
Regole generali della nomenclatura: i nomi dei geni del lievito di fissione sono generalmente espressi come tre lettere, il nome in corsivo seguito da un numero e un plus per il tipo selvaggio (cdc19+; il plus dovrebbe essere superscriptato nel testo normale). Nei mutanti, il plus è sostituito da una designazione allele (cdc19-P1). Allele designazioni variano ampiamente in formato; alcuni sono lettere, alcuni numeri, alcuni un mix.
La maggior parte dei ricercatori indica eliminazioni con un Δ (delta). Ad esempio, un’interruzione del tuo gene preferito yfg1+ con ura4+ è scritta Δyfg1::ura4+ in una tabella di deformazione corretta, anche se le persone usano spesso Δ yfg1 o yfg1Δ come breve mano nel testo. Recentemente, yfg1 Δ è diventata la designazione preferita. Per gli alleli di eliminazione costruiti senza inserimento, alcuni usano una designazione allele che inizia con D; ad esempio, ura4-D18 è una cancellazione di ura4+. Tuttavia, non si può essere sicuri che una” D ” in una designazione allele è sempre una cancellazione, in modo da usare cautela e leggere la letteratura. È fortemente incoraggiato da alcuni che agli alleli di eliminazione venga assegnata una designazione allele unica, ad esempio yfg1-D1::ura4+ ma questo non è tipico. Tuttavia, in diversi casi, lo stesso gene è stato interrotto in diversi laboratori e i fenotipi variano in base al costrutto preciso. Senza un identificatore univoco per l’allele di un determinato laboratorio, ciò ha portato a una notevole confusione nella letteratura.
Il :: (doppio colon) viene utilizzato per indicare un inserimento nel genoma. Non deve necessariamente corrispondere a una cancellazione/interruzione, ad esempio, contrassegnare un locus integrando un marker a valle sarebbe indicato yfg1+::leu1+ o yfg1+::pAB123. Generalmente, ciò che viene prima di :: è il locus, ed è necessario indicare se è di tipo selvaggio o mutante; ciò che viene dopo :: è ciò che è stato integrato, ed è necessario identificarlo pure. In alcuni casi, le persone usano un singolo colon: per indicare un inserimento e un doppio colon :: per indicare una sostituzione/interruzione.
Le proteine sono indicate dal testo romano. Nella letteratura precedente, questo è stato seguito da un allegato p (ad esempio, Cdc19p). La p è particolarmente utile per le persone non lievitate che potrebbero non avere familiarità con le convenzioni di tipo romano contro italico, ma è caduta in disgrazia. Solo per complicare ulteriormente la vita, la nomenclatura del lievito in erba è diversa: i nomi dei geni wildtype sono in corsivo (LEU2), i mutanti (a meno che dominanti) sono in minuscolo (leu2-3) e i nomi delle proteine sono in testo romano (LEU2 o Leu2).
