Il ott. 9, 1962, l’Uganda divenne indipendente, con il Dr. Apollo Milton Obote, un leader Lango dell’UPC, come primo ministro. Buganda è stata data una notevole autonomia. Nel 1963, l’Uganda divenne una repubblica e Mutesa fu eletto presidente. I primi anni di indipendenza furono dominati da una lotta tra il governo centrale e Buganda. Nel 1966, Obote introdusse una nuova costituzione che pose fine all’autonomia di Buganda. Il Baganda protestò vigorosamente e sembrava sul punto di prendere le armi quando Obote catturato il kabaka ‘s palazzo a Mengo, costretto il kabaka a fuggire dal paese, e si è conclusa efficace resistenza Baganda.
Nel 1967 fu introdotta una nuova costituzione che conferiva al governo centrale—in particolare al presidente—molto potere e divideva il Buganda in quattro distretti; anche le regie tradizionali furono abolite. Nel 1969, Obote decise di seguire un corso di sinistra nella speranza di colmare le differenze etniche e regionali del paese attraverso una politica sociale comune.
Da allora l’Uganda ha attraversato periodi turbolenti. A gennaio., 1971, Obote, all’epoca fuori dal paese, fu deposto in un colpo di stato dal maggior generale Idi Amin. Doveva governare il paese per i prossimi otto anni.
Nel 1978, l’Uganda invase la Tanzania nel tentativo di annettere la regione del Kagera. La Tanzania lanciò una contro-invasione di successo nel 1979 e unificò efficacemente diverse forze anti-Amin sotto il Fronte di Liberazione Nazionale dell’Uganda (UNLF). Le forze di Amin furono cacciate e Amin stesso fuggì dal paese.
L’Uganda doveva avere diversi Capi di Stato sotto l’UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa e Paul Muwanga come presidente della Commissione militare.
UNLF, che soffriva di conflitti interni, fu spazzato via dal potere da Milton Obote e dal suo partito, il Congresso del Popolo dell’Uganda. L’Esercito nazionale di Resistenza (NRA) condusse campagne di guerriglia in tutto il paese e, dopo il ritiro delle truppe tanzaniane nel 1981, attaccò gli ex sostenitori di Amin. Nei primi anni 1980, circa 200.000 ugandesi cercarono rifugio nei vicini Ruanda, Congo e Sudan. Nel 1985, un colpo di stato militare depose Obote e il tenente generale Tito Okello divenne capo di Stato.
Quando non fu dato un ruolo nel nuovo regime, l’NRA continuò la sua campagna di guerriglia e prese Kampala nel 1986, e il suo leader, S. E. Yoweri Kaguta Museveni, divenne il nuovo presidente.
L’Uganda ha adottato una nuova Costituzione nell’ottobre 1995 come legge suprema della terra che da allora ha stabilito una base per la governance democratica nel paese.
