Fowler era un membro di un gruppo di minoranza che possedeva il 49,32% dei Padres. Il gruppo, guidato dall’allora amministratore delegato dei Padres Jeff Moorad, tentò di acquistare i Padres dal proprietario di controllo John Moores per million 530 milioni, ma l’accordo fallì nell’aprile 2012. Fowler ha poi sostituito Moorad come socio generale del gruppo di minoranza, e ha fatto parte del comitato esecutivo Padres.
Fowler si unì a un nuovo gruppo per acquistare i Padres che includevano quattro eredi della famiglia O’Malley—che possedeva la franchigia dei Los Angeles Dodgers per cinque decenni. Kevin e Brian O’Malley sono i figli dell’ex proprietario dei Dodgers Peter O’Malley e nipoti di Walter O’Malley, il proprietario che trasferì i Dodgers a ovest da Brooklyn dopo la stagione 1957. Peter e Tom Seidler sono i nipoti di Peter O’Malley. MLB ha approvato la vendita di million 800 milioni, che ha completato il 28 agosto 2012. Fino a million 200 milioni del prezzo di vendita includeva la quota del 20% della squadra in Fox Sports San Diego, un canale via cavo che paga le tasse annuali dei Padres come parte di un accordo di 20 anni da $1,2 miliardi. Fowler è stato nominato presidente esecutivo del gruppo di proprietà ed è stato designato per rappresentare i Padres in tutte le riunioni di lega. È diventato la prima persona di controllo locale della squadra dal proprietario fondatore C. Arnholdt Smith. Sotto il gruppo Fowler/Siedler / O’Malley, i Padres hanno firmato 3 giocatori per contratti che hanno battuto il precedente contratto record di franchigia, dando 6 anni e million 83 milioni a Wil Myers a gennaio 2017, 8 anni e Eric 144 milioni a Eric Hosmer a febbraio 2018, e 10 anni e million 300 milioni a Manny Machado a febbraio 2019.
Il 18 novembre 2020, MLB ha approvato Fowler trasferendo il ruolo di presidente a Peter Seidler, che ha acquistato una partecipazione nel team da Fowler per diventare il più grande stakeholder. Fowler rimane con la squadra come vice presidente.
