os vice-reis espanhóis nas Américas às vezes geravam conflitos entre os povos indígenas (‘nativos’ ou ‘índios’) e os colonos espanhóis. Os espanhóis tentaram controlar os nativos para forçar o seu trabalho. Ao mesmo tempo, conflitos sobre política e implementação ocorreram entre os encomenderos e a coroa.Dois dos principais conjuntos de leis publicados no século XVI regularam a interação espanhola com os povos nativos, uma questão sobre a qual a coroa rapidamente se preocupou logo após as viagens de Cristóvão Colombo e seu governo. As leis de Burgos (1512), assinadas pelo rei Fernando II de Aragão, focavam no bem-estar dos povos nativos conquistados. A questão foi revisitada depois que Bartolomé de las Casas chamou a atenção para os abusos que estão sendo realizados por encomenderos. As leis de Burgos foram revistas pelas novas leis de 1542 emitidas por Carlos I e rapidamente revistas em 1552, depois que as leis encontraram resistência dos colonos. Estes foram seguidos pelos Decretos relativos a descobertas em 1573, que proibiam quaisquer operações não autorizadas contra nativos americanos independentes.
O debate de Valladolid (1550-1551) foi o primeiro debate moral na história Europeia para discutir os direitos e o tratamento de um povo colonizado pelos colonizadores. Realizada no Colégio de San Gregorio, na cidade espanhola de Valladolid, foi uma morais e debate teológico sobre a colonização das Américas, a sua justificação para a conversão ao Catolicismo e, mais especificamente, sobre as relações entre os colonizadores Europeus e os nativos do Novo Mundo. Consistia de uma série de pontos de vista opostos sobre a forma como os nativos deveriam ser integrados na vida colonial, sua conversão ao cristianismo e seus direitos e obrigações. De acordo com o historiador francês Jean Dumont, o debate Valladolid foi um importante ponto de viragem na história mundial “naquele momento, na Espanha, apareceu o alvorecer dos Direitos Humanos”.Para orientar e regularizar o estabelecimento de presidios (cidades militares), missões e pueblos (cidades civis), o rei Filipe II desenvolveu a primeira versão das Leis das Índias. Este guia abrangente foi composto de 148 ordenanças para ajudar os colonos na localização, construção e povoamento. Estas ordenanças seriam usadas por todo o que é agora chamado América do Sul, América Central, México e o oeste americano dos EUA. Eles codificaram o processo de planejamento da cidade e representaram algumas das primeiras tentativas de um plano geral. Assinado em 1573, as leis das Índias são consideradas as primeiras diretrizes abrangentes para o design e desenvolvimento das Comunidades. Estas leis foram fortemente influenciadas pelos dez livros de arquitetura de Vitrúvio e pelos Tratados de Leon Battista Alberti sobre o assunto.