In 1927, Herskovits moved to Northwestern University in Evanston, Illinois as a full-time anthropologist. Em 1928 e 1929, ele e sua esposa Frances Herskovits fizeram trabalho de campo no Suriname, entre os Saramaka (então chamados de Bush negros) e conjuntamente escreveram um livro sobre o povo.Em 1934, Herskovits e sua esposa Frances passaram mais de três meses na aldeia haitiana de Mirebalais, cujas descobertas ele publicou em seu livro “Life in a Haitian Valley” de 1937. Em seu tempo, este trabalho foi considerado uma das representações mais precisas da prática haitiana do Vodou. Eles detalharam meticulosamente as vidas e práticas Vodou dos residentes Mirebalais durante sua estadia de três meses. Eles realizaram trabalhos de campo em Benin, Brasil, Haiti, Gana, Nigéria e Trinidad. Em 1938 Herskovits estabeleceu o novo departamento de Antropologia na Northwestern.No início da década de 1940, Herkovits e sua esposa Frances conheceram Barbara Hadley Stein, que estava no Brasil para fazer pesquisas sobre a abolição da escravidão lá. Ela apresentou-lhes Stanley J. Stein, um estudante de pós-graduação em história latino-americana em Harvard. Com conselhos de Herkovits, Stein e Stein gravaram canções Negras chamadas jongos, que receberam recentemente considerável atenção acadêmica. Herskovits também influenciou Alan Lomax, que coletou canções afro-americanas.
In 1948, Herskovits founded the first major interdisciplinary American program in African studies at Northwestern University with aid of a three-year, $30,000 grant from the Carnegie Foundation, followed by a five-year $100,000 grant from the Ford Foundation in 1951. O programa de Estudos Africanos foi o primeiro de seu tipo em uma instituição acadêmica dos Estados Unidos. Os objetivos do programa eram ” produzir estudiosos de competência em seus respectivos assuntos, que focarão os recursos de seus campos especiais no estudo de aspectos da vida Africana relevantes para suas disciplinas.A Biblioteca Melville J. Herskovits de Estudos Africanos da Universidade Northwestern, fundada em 1954, é a maior coleção separada de africanos do mundo. Até à data, contém mais de 260.000 volumes encadernados, incluindo 5.000 livros raros, mais de 3.000 periódicos, revistas e jornais, colecções de arquivos e manuscritos, 15.000 livros em 300 línguas africanas diferentes, colecções extensas de mapas, cartazes, vídeos e fotografias, bem como recursos electrónicos. Em 1957, Herskovits fundou a Associação de Estudos Africanos e foi o primeiro presidente da organização.O Livro de Herskovits o mito do passado Negro é sobre influências culturais africanas nos Afro-Americanos; rejeita a noção de que os afro-americanos perderam todos os vestígios do seu passado quando foram levados de África e escravizados na América. Ele traçou numerosos elementos expressados na cultura afro-americana contemporânea que poderiam ser traçados para as culturas africanas. Herskovits enfatizava a raça como um conceito sociológico, não biológico. Ele também ajudou a forjar o conceito de relativismo cultural, particularmente em seu livro homem e suas obras. Este livro examina em profundidade os efeitos da ocidentalização no Africanos de diversas culturas que foram trazidos durante a escravidão para as Américas, e que, em seguida, desenvolveu um distintamente diferentes, a cultura afro-Americana como um produto deste deslocamento. Como LeRoi Jones comentou sobre este texto, alguns acreditam que a introdução destes africanos ao cristianismo é o que impulsionou tal ocidentalização. Conceitos cristãos deslocaram narrativas de escravos de uma ênfase em viajar para casa para seus países africanos de origem para viajar para casa para ver seu Senhor, no céu. O desenvolvimento das igrejas cristãs afro-americanas, que serviu como um dos únicos lugares para proporcionar a esses povos o acesso à mobilidade social, estabeleceu ainda mais uma cultura distintamente ocidental entre os africanos na América. Junto com essas igrejas vieram os espirituais negros, que são citados como o primeiro tipo de música nativa da América feita por africanos. No entanto, o desenvolvimento de tais espirituais incluiu influência direta das raízes africanas. Isso se tornou evidente em uma série de aspectos dos espirituais, desde a inclusão de linhas de chamada e resposta e escalas alternativas aos variados timbres e ritmos. Tudo isso mostra que as reivindicações de Herskovits neste livro carregam muita verdade e precisão em relação ao estabelecimento da identidade Afro-americana como descendente do Africano, e como a música jogou em tais mudanças.Herskovits debateu com o sociólogo Franklin Frazier sobre a natureza do contato cultural no Hemisfério Ocidental, especificamente com referência a africanos, europeus e seus descendentes. Frazier enfatizou como os africanos se adaptaram ao seu novo ambiente nas Américas. Herskovits estava interessado em Mostrar elementos de continuidade das culturas africanas para a comunidade atual.Após a Segunda Guerra Mundial, Herskovits defendeu publicamente a independência das Nações Africanas das potências coloniais. He strongly criticized American politicians for viewing African nations as objects of Cold War strategy. Frequentemente chamado como conselheiro do governo, Herskovits serviu no Comitê de Relações Raciais do prefeito em Chicago (1945) e no Comitê de Relações Exteriores do Senado dos Estados Unidos (1959-60).