NdeI é uma enzima específica de restrição do tipo II que corta sequências-alvo específicas, ao contrário das exonucleases. Esta enzima é usada na clonagem de genes para cortar quadros de leitura abertos no plasmídeo de certas bactérias, tais como E. coli e inserir um gene estranho, tal como o gene gfpuv que codifica para a bio fluorescência do peixe-geleia Aequorea victoria.
NdeI é útil na geração de uma construção de DNA heterólogo porque contém o codão de início ATG. Pode, portanto, ser usado em alguns vetores de expressão, como aqueles na série pET de vetores, para a ligação do início de um gene ao fazer uma construção de expressão. Note no entanto que NdeI gera apenas um overhang de duas bases e, portanto, tem uma temperatura de fusão mais baixa do que outras enzimas de restrição que geram um overhang de quatro bases. Tem uma menor eficiência de ligação, uma vez que a ligação é afetada pela capacidade das extremidades para anneal e um overhang de duas bases tem uma temperatura de fusão significativamente mais baixa em comparação com um overhang de 4 bases. A ligação das extremidades geradas por NdeI é, portanto, melhor realizada com maior concentração de ligase com um tempo de ligação mais longo, seja à temperatura ambiente, 14-16 ° C, ou a 4°C.
