in the year 782 the sale of fish started in the area, agradecimentos to the cold groundwater available at the site, which made possible to keep fish and other meats fresh in a location close to the Kyoto Imperial Palace.
em 1615, pela primeira vez o local recebeu oficialmente permissão do Governo de Bakufu para realizar a venda de peixe, sendo este o primeiro passo para se tornar um mercado de renome que é hoje.
em 1883, após a Restauração Meiji, devido à forte concorrência entre estabelecimentos, o número ou lojas foi reduzido para apenas 7.
em 1911, uma nova associação que promovia o mercado como um lugar para a venda de peixe e marisco como resultado, o mercado viu uma vitalidade renovada.
em 1927, o mercado grossista Central de Kyoto abriu e muitas lojas se mudaram para lá a partir do mercado de Nishiki.
em 1928, uma nova associação promoveu a abertura de lojas que ofereciam frutas, legumes, carnes e outros produtos alimentares. Isto marca o ponto a partir do qual o mercado começou a ser conhecido como “cozinha de Kyoto”.
em 1984, o atual Piso de paralelepípedos foi instalado e, em 1993, a atual Copa arcada foi instalada.
no ano de 2005, o “mercado Nishiki” foi registrado como marca registrada.