de huismuis (Mus musculus) is een klein zoogdier uit de Orde van de Rodentia. Het is een van de meest voorkomende soorten van het geslacht Mus. Hoewel het een wild dier is, leeft de huismuis vooral in samenwerking met mensen.De huismuis is gedomesticeerd als huisdier of fancy muis, en als laboratoriummuis, dat is een van de belangrijkste modelorganismen in de biologie en de geneeskunde.
Assemblage
De GRCm38.p6 assemblage werd ingediend door genoom referentie Consortium op September 2017. De assemblage is op chromosoomniveau, bestaande uit 885 contigs geassembleerd in 336 steigers. Uit deze opeenvolgingen, zijn 21 chromosomen gebouwd. De N50-grootte is de lengte zodanig dat 50% van het geassembleerde genoom in blokken van de N50-grootte of langer ligt. De N50 lengte voor de contigs is 32.273.079 terwijl de steiger N50 52.589.046 is.
Genannotatie
het proces van genannotatie werd uitgevoerd met behulp van een combinatie van eiwit-genoom-uitlijningen, annotatiemapping van een geschikte referentiesoort en RNA-seq-uitlijningen (waarbij RNA-seq-gegevens met geschikte meta-gegevens openbaar beschikbaar waren). Voor elk kandidaat – gengebied, werd een selectieproces toegepast om de geschiktste reeks afschriften te kiezen die op evolutionaire afstand, experimenteel bewijsmateriaal voor de brongegevens en de kwaliteit van de uitlijningen worden gebaseerd.Kleine ncRNAs werden verkregen met behulp van een combinatie van BLAST en Infernal/RNAfold. Pseudogenes werden berekend door te kijken naar genen met een groot percentage niet-biologische introns (introns van < 10bp), waar het gen in herhalingen werd bedekt, of waar het gen enkel exon was en bewijs van een functionele multi-exon paralog elders in het genoom werd gevonden. lincRNAs werd geproduceerd via RNA-seq gegevens waar geen bewijs van eiwithomologie of eiwitdomeinen in het transcript kon worden gevonden.In overeenstemming met de Overeenkomst van Fort Lauderdale dient de publicatiestatus van het genoom/de assemblage te worden gecontroleerd alvorens genoombrede analyses met behulp van deze gegevens te publiceren.
