presidentschap
het bewind van de oudere Kabila werd al snel uitgedaagd in 1998 met een kleine opstand die later uitbreidde en waarbij troepen uit verschillende Afrikaanse landen betrokken waren. Kort na de moord op Laurent werd Joseph op 26 januari 2001 ingehuldigd als president van het land. Hij erfde een land dat nog steeds in oorlog was en dat Voor het grootste deel zonder een functionerende regering of basisdiensten was en waarvan de economie grotendeels was geruïneerd door jaren van conflict.Er was weinig bekend over Kabila, en de eerste inschatting was dat de adviseurs van zijn vader hem als boegbeeld hadden gekozen. In de daaropvolgende maanden verraste Kabila echter veel mensen door initiatief te nemen en het beleid van de regering een andere kant op te sturen. Minder dan een week na zijn beëdiging maakte Kabila zijn eerste reis naar het buitenland als president. Hij overlegde met regeringsleiders in Frankrijk en België en reisde ook naar de Verenigde Staten, waar hij minister van Buitenlandse Zaken Colin Powell en ambtenaren van de Wereldbank, het Internationaal Monetair Fonds en de Verenigde Naties ontmoette. In de Verenigde Staten ontmoette hij ook Paul Kagame, de president van Rwanda, die een van de belangrijkste tegenstanders van zijn vader was geweest. Tijdens een bijeenkomst in Zambia in februari 2001 stemde Kabila ermee in een begin te maken met de tenuitvoerlegging van een staakt-het-vuren-overeenkomst die in juli 1999 was ondertekend maar niet werd nageleefd. Hij hield gesprekken met rebellengroepen, en de regeringen van vijf landen—Rwanda, Oeganda, Zimbabwe, Angola en Namibië—die troepen in Congo hadden afgesproken om met hun terugtrekking te beginnen. Eind maart arriveerden de VN-vredestichters om toezicht te houden op het staakt-het-vuren en de terugtrekking van de troepen. In April ontsloeg Kabila het kabinet dat was overgehouden uit de administratie van zijn vader en benoemde zijn eigen groep ministers. In december 2002 tekende hij een overeenkomst met rebellen om de oorlog te beëindigen en een machtsdelende overgangsregering te vormen. De overeenkomst werd in April 2003 geratificeerd.; later dat jaar werd een interim-regering gevormd die Kabila als president hield en rebellenleiders benoemde tot vice-presidentiële en kabinetsposten.