NdeI is een specifiek type II-restrictie-enzym dat, in tegenstelling tot exonucleasen, specifieke doelreeksen opensnijdt. Dit enzym wordt gebruikt in het klonen van gen om leeskaders in het plasmide van bepaalde bacteriën zoals E. coli te snijden en een vreemd gen, zoals het gfpuv-gen in te voegen dat Voor biofluorescentie van de kwal aequorea victoria codeert.
NdeI is nuttig bij het genereren van heterologe DNA-construct omdat het het startcodon ATG bevat. Het kan daarom in gebruikt in sommige uitdrukkingsvectoren, zoals die in de huisdierenreeks van vectoren, voor de afbinding van het begin van een gen zijn wanneer het maken van een uitdrukking construeert. Merk echter op dat NdeI slechts een tweebasisoverhang produceert en daarom een lagere smelttemperatuur heeft dan andere beperkingsenzymen die een vierbasisoverhang produceren. Het heeft een lagere afbinding efficiency, aangezien afbinding door de capaciteit van de einden wordt beà nvloed om te ontharden en een twee-basisoverhang heeft een beduidend lagere het smelten temperatuur in vergelijking met een 4-basisoverhang. Ligatie van ndei-gegenereerde einden wordt daarom het best uitgevoerd bij een hogere ligaseconcentratie met een langere ligatietijd, hetzij bij kamertemperatuur, 14-16°C, hetzij bij 4°C.
