een nieuw gen benoemen? Het is een goed idee om te controleren bij het sanger Centre pombe genoom project om te zien of uw gen benaming al is genomen. U kunt ook een gennaam reserveren voor een bepaalde locus voorafgaand aan publicatie. Onderzoekers worden aangespoord om het genregister te gebruiken om namen te reserveren, naamwijzigingen voor te stellen of contact op te nemen met het GNC (gen nomenclature committee). De GNC zal dubbele namen, niet-standaardbenamingen en andere dergelijke kwesties behandelen. Zij zal ook de nomenclatuurregels zo nodig herzien om ervoor te zorgen dat zij up-to-date zijn. Toegang tot het comité via de site hierboven.
algemene nomenclatuurregels: Gennamen van Splijtingsgist worden in het algemeen uitgedrukt als een drieletter, cursieve naam gevolgd door een getal en een plus voor het wildtype (cdc19+; de plus moet in normale tekst superscript worden). Bij mutanten wordt de plus vervangen door een allelaanduiding (cdc19-P1). Allel aanduidingen variëren sterk in formaat; sommige zijn letters, sommige cijfers, sommige een mix.
de meeste onderzoekers geven verwijderingen aan met een Δ(delta). Bijvoorbeeld, een verstoring van uw favoriete gen yfg1+ met ura4+ wordt geschreven Δyfg1::ura4+ in een juiste stamtabel, hoewel mensen vaak Δ yfg1 of yfg1Δ gebruiken als korte hand in tekst. Onlangs is yfg1Δ de voorkeursaanduiding geworden. Voor deletie allelen geconstrueerd zonder een insertie, gebruiken sommigen een allel aanduiding beginnend met D; bijvoorbeeld, ura4-D18 is een deletie van ura4+. Je kunt er echter niet zeker van zijn dat een “D” in een allel aanduiding altijd een verwijdering is, dus wees voorzichtig en lees de literatuur. Het wordt sterk aangemoedigd door sommigen dat deletie allelen worden gegeven een unieke allel benaming, bijvoorbeeld, yfg1-D1:: ura4+ maar dit is niet typisch. Nochtans, in verscheidene gevallen, is hetzelfde gen in verschillende laboratoria verstoord, en de fenotypes variëren volgens de nauwkeurige construct. Zonder een unieke identificatie voor een bepaald lab allel heeft dit geleid tot aanzienlijke verwarring in de literatuur.
de:: (dubbele punt) wordt gebruikt om een insertie in het genoom aan te geven. Het hoeft niet overeen te komen met een schrapping/verstoring, bijvoorbeeld, het markeren van een locus door integratie van een marker downstream zou worden aangegeven yfg1+::leu1+ of yfg1+::pAB123. Over het algemeen, wat komt voor de :: is de locus, en je moet aangeven of het wild type of mutant; wat komt na de :: is wat is geà ntegreerd, en je moet het ook identificeren. In sommige gevallen gebruiken mensen een enkele dubbele punt : om een insertie aan te geven, en een dubbele punt :: om een vervanging/verstoring aan te geven.
eiwitten worden aangegeven met Romeinse tekst. In oudere literatuur werd dit gevolgd door een bijgevoegde p (bijv. Cdc19p). De p is vooral nuttig voor niet-gist mensen die misschien niet bekend zijn met de conventies van Romeinse versus cursief type, maar het is uit de gratie gevallen. Om het leven nog ingewikkelder te maken, is de gistnomenclatuur anders: de wildtype gen namen zijn cursief hoofdletters (LEU2), mutanten (tenzij dominant) zijn in kleine letters (leu2-3) en eiwit namen zijn in Romeinse tekst (LEU2 of Leu2).
