On Okt. 9, 1962, Oeganda werd onafhankelijk, met Dr. Apollo Milton Obote, een lango leider van de UPC, als premier. Buganda kreeg veel autonomie. In 1963 werd Oeganda een republiek en Mutesa werd verkozen tot president. De eerste jaren van onafhankelijkheid werden gedomineerd door een strijd tussen de centrale overheid en Buganda. In 1966 introduceerde Obote een nieuwe grondwet die Buganda ‘ s autonomie beëindigde. De Baganda protesteerden hevig en leken op het punt de wapens op te nemen toen Obote het paleis van de kabaka in Mengo veroverde, de kabaka dwong het land te ontvluchten en effectief Baganda-verzet beëindigde.In 1967 werd een nieuwe grondwet ingevoerd die de centrale regering—vooral de president—veel macht gaf en Buganda verdeelde in vier districten; ook de traditionele koningschappen werden afgeschaft. In 1969 besloot Obote een linkse koers te volgen in de hoop de etnische en regionale verschillen van het land te overbruggen door middel van een gemeenschappelijk sociaal beleid.
Oeganda heeft sindsdien turbulente tijden doorgemaakt. In Jan. In 1971 werd Obote buiten het land afgezet door Generaal-Majoor Idi Amin. Hij zou het land de komende acht jaar regeren.In 1978 viel Oeganda Tanzania binnen in een poging de Kagera-regio te annexeren. Tanzania lanceerde een succesvolle contra-invasie in 1979 en Verenigde effectief verschillende anti-Amin troepen onder het Uganda National Liberation Front (UNLF). Amin ‘ s troepen werden verdreven en Amin zelf vluchtte het land uit.Uganda kreeg verschillende staatshoofden onder UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa en Paul Muwanga als voorzitter van de Militaire Commissie.UNLF, die leed aan interne conflicten, werd uit de macht gezet door Milton Obote en zijn partij, Het Uganda People ‘ s Congress. Het nationale Verzetsleger (NRA) voerde guerrillacampagnes door het hele land en viel na de terugtrekking van Tanzaniaanse troepen in 1981 voormalige Amin-aanhangers aan. In het begin van de jaren tachtig zochten ongeveer 200.000 Oegandezen hun toevlucht in het naburige Rwanda, Congo en Soedan. In 1985 werd Obote door een militaire staatsgreep afgezet en werd luitenant-generaal Tito Okello staatshoofd.Toen het geen rol kreeg in het nieuwe regime, zette de NRA zijn guerrillacampagne voort en nam Kampala in 1986 in, en zijn leider, H. E. Yoweri Kaguta Museveni, werd de nieuwe President.Oeganda nam in oktober 1995 een nieuwe grondwet aan als de hoogste wet van het land die sindsdien een basis heeft gelegd voor democratisch bestuur in het land.
