de Spaanse onderkoning in Amerika leidde soms tot conflicten tussen inheemse volkeren (‘inboorlingen’ of ‘Indianen’) en de Spaanse kolonisten. De Spanjaarden probeerden de inboorlingen onder controle te houden om hun arbeid te forceren. Tegelijkertijd ontstonden er conflicten over beleid en uitvoering tussen de Encomenderos en de kroon.Twee van de belangrijkste wetten uit de 16e eeuw regelden de Spaanse interactie met de inheemse volkeren, een kwestie waarover de kroon zich al snel zorgen maakte na de reizen van Christoffel Columbus en zijn gouverneurschap. De wetten van Burgos (1512), ondertekend door koning Ferdinand II van Aragón, richtten zich op het welzijn van de veroverde inheemse volkeren. De kwestie werd opnieuw bekeken nadat Bartolomé de las Casas de aandacht vestigde op misstanden van encomenderos. De wetten van Burgos werden herzien door de nieuwe wetten van 1542 uitgegeven door Carlos I en snel opnieuw herzien in 1552, nadat de wetten weerstand ondervonden van kolonisten. Deze werden gevolgd door de verordeningen betreffende ontdekkingen in 1573, die elke ongeoorloofde operaties tegen onafhankelijke Indianen verbood.
het Valladolid-debat (1550-1551) was het eerste morele debat in de Europese geschiedenis over de rechten en behandeling van een gekoloniseerd volk door kolonisten. Gehouden in het Colegio de San Gregorio, in de Spaanse stad Valladolid, was het een moreel en theologisch debat over de kolonisatie van de Amerika ‘ s, de rechtvaardiging voor de bekering tot het katholicisme en meer specifiek over de relaties tussen de Europese kolonisten en de inboorlingen van de nieuwe wereld. Het bestond uit een aantal tegengestelde opvattingen over de manier waarop de inboorlingen moesten worden geïntegreerd in het koloniale leven, hun bekering tot het christendom en hun rechten en plichten. Volgens de Franse historicus Jean Dumont was het Valladolid debat een belangrijk keerpunt in de wereldgeschiedenis “op dat moment verscheen in Spanje de dageraad van de mensenrechten”.Om de oprichting van presidios (militaire steden), missies en pueblos (civiele steden) te begeleiden en te regulariseren, ontwikkelde koning Filips II de eerste versie van de wetten van Indië. Deze uitgebreide gids bestond uit 148 verordeningen om kolonisten te helpen bij het lokaliseren, bouwen en bevolken van nederzettingen. Deze verordeningen zouden worden gebruikt in wat nu Zuid-Amerika, Centraal-Amerika, Mexico en het Amerikaanse Westen van de VS wordt genoemd. Zij codificeerden het stedenbouwproces en vormden enkele van de eerste pogingen tot een algemeen plan. De in 1573 ondertekende wetten van Indië worden beschouwd als de eerste brede richtlijnen voor het ontwerpen en ontwikkelen van gemeenschappen. Deze wetten werden sterk beïnvloed door Vitruvius’ tien Architectuurboeken en Leon Battista Alberti ‘ s verhandelingen over dit onderwerp.