dinamica clemei beta E. coli și influența acesteia asupra încărcării ADN

clemele glisante se regăsesc în toate domeniile vieții și sunt esențiale pentru replicarea eficientă a ADN-ului, care este necesară de fiecare dată când o celulă se divide, precum și pentru coordonarea traficului pe ADN. Escherichia coli (E. coli) beta-clamp este o proteină în formă de inel formată din doi monomeri identici codificați de gena dnaN care se asociază cu ADN polimeraza III și facilitează gradul ridicat de procesivitate necesar pentru replicarea ADN‐ului. Proteinele de prindere glisante se deschid și sunt încărcate pe structuri ADN specifice de către încărcătoarele de prindere în prezența ATP. Scopul nostru este de a obține informații despre contribuțiile diferitelor domenii la funcția beta folosind o clemă beta legată care constrânge homodimerul la una din cele două interfețe. De obicei, structura homo‐dimerică a clemei beta îi permite să acționeze ca o centură de scule moleculare, legând simultan mai multe proteine la locurile specifice de interacțiune a proteinelor de pe clemă. Astfel, o mai bună înțelegere a rolului clemelor glisante în procesul de toleranță la deteriorarea ADN-ului va fi colectată prin investigarea dacă o interfață sau un situs de legare este adecvat pentru încărcarea ADN-ului sau pentru alte interacțiuni proteice. Pentru a crea această construcție, lungimea și secvența linker-ului, precum și condițiile de Expresie, au fost optimizate. Proteinele beta legate au fost caracterizate printr‐un test de denaturare termică și au prezentat o stabilitate termică comparabilă cu beta de tip sălbatic. Într‐un test ATPase, cantități similare de fosfat anorganic au fost detectate în reacțiile care conțin fie beta legat, fie beta de tip sălbatic, indicând faptul că încărcătorul clemei poate interacționa cu ambele versiuni ale clemei beta. În prezent, investigăm dacă beta‐ul legat și de tip sălbatic îmbunătățesc procesivitatea unei polimeraze într-un test de extensie a primerului. Acum construim și caracterizăm variante de beta de tip sălbatic și beta legat pentru a testa importanța reziduurilor la doar una dintre interfețe sau site‐uri partenere de legare a proteinelor.



+